A17

Лог от 30.04.2021. АЗло

Какие варианты были проработаны:

1. Отличие GMX-DFTB от GMX-DFTB+
1 ходок в GMX-DFTB прошел через барьер. Динамика закончилась взрывом. Насколько это тот же самый феномен, или другой - не понятно. Можем ли мы придумать дизайн эксперимента, который бы явно показал, сохраняется ли тренд в старом интерфейсе или нет? (мини-системы. Пока прогнаны только на DFTB+ и GMX-DFTB+)

2. Влияние параметров dftb
Между 3ob-3-1-ophyd-1-2 и 3ob-2-1-l02 разницы нет, как в GMX-DFTB+ (как real-life, так и мини-система) так и просто в DFTB+ (мини-система)

3. Влияние дисперсии, real-life система
Между отсутствием коррекции, D3, D4, D3H5 разницы нет

4. Mixers, мини-система в воде
Миксер по умолчанию - бройден. Падение на ~3500 шаге
Mixer DIIS - нет разницы
Mixer Simple - падение сразу
Mixer Anderson - падение на ~50000 шаге (ЛЮБОПЫТНО!)

5. ForceEvaluation "dynamics", Filling Fermi 10K или 1e-6K
Нет разницы

Саша, на всякий случай укажите директорию где вы это делаете. Для горизонтальной передачи знаний.

Итак, что-то явно происходит особенное с параоксоном - ДФП работает отлично, реакция проходит шикарно.

Параллельно протестировал глупую, но все же идею: есть ли разница между наличием 5-х связей, пар и механических зарядов и их отсутствием для атомов QM системы в топологии. Разницы нет, что хорошо - так и предполагалось.

• Влияет ли ароматичность уходящей группы?
• Влияет ли нитрогруппа?

1) Есть смысл проверить MaxAngularMomentum = d для азота?
2) Падение происходит при образовании PNP иона?

1) Принял в работу
2) Нет, падение не сопровождается отслеживаемыми глазом геометрическими событиями

Допишу также апдейт из телеграма, чтобы тоже был тут:
Корень проблем - нитрогруппа. Почему я так считаю:
1) Системы с фенолом и тиофенолом не падают (вообще). Система с тиофенолом даже умудрилась дойти до продуктов (тиофенолят таки лучшая уходящая группа, чем фенолят).
2) Системы с нитрофенолом и тионитрофенолом падают.

BREAKING NEWS
Дублирование связей и углов из механики для части квантовой системы (от мостикового кислорода до нитро-группы включительно) в виде рестрейнтов плюмеда (получается искусственная риджидификация) позволяет реакции пройти без падений.
Это костыль, конечно, но для задач дизайна вполне применим.

Тем не менее вариант с d-орбиталью для азота тоже проверю.

D-орбиталь азота ничего не изменила, быстрое падение.

Дублирование связей и углов не помогло в реальной системе

Если считать RMSD по всем атомам POX, то Segmentation fault на первом же шаге.
Если убрать расчет RMSD с атомов ароматичеых водородов, то все хорошо. В 10 репликах метадинамика по RMSD не упала за 50 пс.

UPD: Даже не со всех ароматичных, а только с двух наиболее близких к нитро-группе.

Следующий шаг в сборе информации для идей: мини-системы со старым интерфейсом

Alexander Zlobin wrote:

Если считать RMSD по всем атомам POX, то Segmentation fault на первом же шаге.
Если убрать расчет RMSD с атомов ароматичеых водородов, то все хорошо. В 10 репликах метадинамика по RMSD не упала за 50 пс.

UPD: Даже не со всех ароматичных, а только с двух наиболее близких к нитро-группе.

Проверить то же самое, но без ММ части.

GMX-DFTB+ на системе без ММ части (параоксон в кубике). RMSD по всем атомам отлично считается.

GMX-DFTB3 на системе "параоксон в механической воде". RMSD по атомам. Та же проблема, что и с плюсом: если все атомы в списке тех, по которым расчитывается RMSD, то сегфолт на первом же фрейме. Если убрать два ближайших к нитрогруппе водорода, то все окей.

1. Посмотреть эволюцию зарядов
2. Посчитать с квантовой водой
3. Протестировать GMX_QMMM_VARIANT (1, 0, eqmmmVACUO)
4. Попробовать -COOH

1. Ничего странного не наблюдается, миграции заряда к началу ароматической группы нет
2. Пока не сделал
3. 0 и eqmmmVACUO не работают на системе только из POX, так же сегфолт. Без метад работают. Проверить на системах глу-тир-параоксон.
4. Вариант с COO падает так же, как и параоксон