Activity

From 02.05.2021 to 31.05.2021

13:40 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Пока реально тупик. Перемещаю фокус внимания на следующие действия:
1) Детально изучить оптимальный теозим, а не умо... Alexander Zlobin

13:33 Soft #425 (Resolved): Собрать старый интерфейс на риппере: Нужен старый интерфейс GMX-DFTB3, который можно запускать на риппере.
- mpi
- plumed
Как вариант можете ределеги... Alexander Zlobin

23:39 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: 1. Ничего странного не наблюдается, миграции заряда к началу ароматической группы нет
2. Пока не сделал
3. 0 и eqmm... Alexander Zlobin

19:07 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: 1. Посмотреть эволюцию зарядов
2. Посчитать с квантовой водой
3. Протестировать GMX_QMMM_VARIANT (1, 0, eqmmmVACUO)... Alexander Zlobin
11:38 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: GMX-DFTB+ на системе без ММ части (параоксон в кубике). RMSD по всем атомам отлично считается.
GMX-DFTB3 на систем... Alexander Zlobin

15:08 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Alexander Zlobin wrote:
> Если считать RMSD по всем атомам POX, то Segmentation fault на первом же шаге.
> Если убр... Alexander Zlobin

21:42 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Следующий шаг в сборе информации для идей: мини-системы со старым интерфейсом Alexander Zlobin
12:31 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Если считать RMSD по всем атомам POX, то Segmentation fault на первом же шаге.
Если убрать расчет RMSD с атомов аром... Alexander Zlobin

14:20 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Пока мы в тупике.
Из вариантов рассматриваю возможность набрать системной информации о падениях, сделав метадинами... Alexander Zlobin

22:58 Project #410: Улучшение А17: На текущий момент есть 2 основные проблемы:
1) Тест-система для первой стадии не работает. Падения. См. тикет 390
2... Alexander Zlobin
22:53 Project #410 (Closed): Улучшение А17: Тикет верхнего уровня для структурирования работ по А17.
Направления улучшений:
1) Улучшение 1й стадии
2) Создан... Alexander Zlobin

12:16 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Дублирование связей и углов не помогло в реальной системе Alexander Zlobin

16:50 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: D-орбиталь азота ничего не изменила, быстрое падение. Alexander Zlobin
15:17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: BREAKING NEWS
Дублирование связей и углов из механики для части квантовой системы (от мостикового кислорода до нитро... Alexander Zlobin
14:53 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: 1) Принял в работу
2) Нет, падение не сопровождается отслеживаемыми глазом геометрическими событиями
Допишу также... Alexander Zlobin

12:43 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: 1) Есть смысл проверить MaxAngularMomentum = d для азота?
2) Падение происходит при образовании PNP иона? Andrey Golovin

17:41 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Итак, что-то явно происходит особенное с параоксоном - ДФП работает отлично, реакция проходит шикарно.
Параллельн... Alexander Zlobin

11:33 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Саша, на всякий случай укажите директорию где вы это делаете. Для горизонтальной передачи знаний. Andrey Golovin

Also available in: Atom