Activity

From 24.04.2021 to 23.05.2021

23:39 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: 1. Ничего странного не наблюдается, миграции заряда к началу ароматической группы нет
2. Пока не сделал
3. 0 и eqmm... Alexander Zlobin

19:07 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: 1. Посмотреть эволюцию зарядов
2. Посчитать с квантовой водой
3. Протестировать GMX_QMMM_VARIANT (1, 0, eqmmmVACUO)... Alexander Zlobin
11:38 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: GMX-DFTB+ на системе без ММ части (параоксон в кубике). RMSD по всем атомам отлично считается.
GMX-DFTB3 на систем... Alexander Zlobin

15:08 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Alexander Zlobin wrote:
> Если считать RMSD по всем атомам POX, то Segmentation fault на первом же шаге.
> Если убр... Alexander Zlobin

21:42 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Следующий шаг в сборе информации для идей: мини-системы со старым интерфейсом Alexander Zlobin
12:31 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Если считать RMSD по всем атомам POX, то Segmentation fault на первом же шаге.
Если убрать расчет RMSD с атомов аром... Alexander Zlobin

14:20 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Пока мы в тупике.
Из вариантов рассматриваю возможность набрать системной информации о падениях, сделав метадинами... Alexander Zlobin

22:58 Project #410: Улучшение А17: На текущий момент есть 2 основные проблемы:
1) Тест-система для первой стадии не работает. Падения. См. тикет 390
2... Alexander Zlobin
22:53 Project #410 (Closed): Улучшение А17: Тикет верхнего уровня для структурирования работ по А17.
Направления улучшений:
1) Улучшение 1й стадии
2) Создан... Alexander Zlobin

12:16 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Дублирование связей и углов не помогло в реальной системе Alexander Zlobin

16:50 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: D-орбиталь азота ничего не изменила, быстрое падение. Alexander Zlobin
15:17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: BREAKING NEWS
Дублирование связей и углов из механики для части квантовой системы (от мостикового кислорода до нитро... Alexander Zlobin
14:53 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: 1) Принял в работу
2) Нет, падение не сопровождается отслеживаемыми глазом геометрическими событиями
Допишу также... Alexander Zlobin

12:43 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: 1) Есть смысл проверить MaxAngularMomentum = d для азота?
2) Падение происходит при образовании PNP иона? Andrey Golovin

17:41 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Итак, что-то явно происходит особенное с параоксоном - ДФП работает отлично, реакция проходит шикарно.
Параллельн... Alexander Zlobin

11:33 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Саша, на всякий случай укажите директорию где вы это делаете. Для горизонтальной передачи знаний. Andrey Golovin

18:52 Exploration #390 (In Progress): Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Alexander Zlobin

17:10 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Note: формально это не часть проекта РНФ-абзим, это часть РФФИ-Сириус. Однако статейно конечно в любом случае подходи... Alexander Zlobin
17:04 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Лог от 30.04.2021. АЗло
Какие варианты были проработаны:
1. Отличие GMX-DFTB от GMX-DFTB+
1 ходок в GMX-DFTB п... Alexander Zlobin
16:33 Exploration #390 (Closed): Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: GMX-DFTB+ не может стабильно считать реакцию с параоксоном в системе тирозин-глутамат. Задача этого проекта - максима... Andrey Golovin

Also available in: Atom