A17

18.06.2021

11:47 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Расчеты для ASP/GLU теозима почти завершены, ориентировочно еще 2 дня. К понедельнику - финализировать набор теозимов... Alexander Zlobin

07.06.2021

12:46 Soft #425: Собрать старый интерфейс на риппере

можно путь для сборки tpr?
отбой, не надо. Выпадает явно раньше
Andrey Golovin

06.06.2021

18:01 Soft #425 (Feedback): Собрать старый интерфейс на риппере

Illegal instruction (core dumped)
Не работает, как с плюмедом так и без
Папка
/home/domain/data/zlobin/2021/m... Alexander Zlobin

03.06.2021

10:54 Soft #425 (Resolved): Собрать старый интерфейс на риппере

Andrey Golovin

10:54 Soft #425: Собрать старый интерфейс на риппере

Done:
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/home/domain/data/prog-ripper/plumed-262-libtorch/lib/:/home/domai... Andrey Golovin

31.05.2021

13:40 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Пока реально тупик. Перемещаю фокус внимания на следующие действия:
1) Детально изучить оптимальный теозим, а не умо... Alexander Zlobin

25.05.2021

13:33 Soft #425 (Resolved): Собрать старый интерфейс на риппере

Нужен старый интерфейс GMX-DFTB3, который можно запускать на риппере.
- mpi
- plumed
Как вариант можете ределеги... Alexander Zlobin

23.05.2021

23:39 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

1. Ничего странного не наблюдается, миграции заряда к началу ароматической группы нет
2. Пока не сделал
3. 0 и eqmm... Alexander Zlobin

20.05.2021

19:07 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

1. Посмотреть эволюцию зарядов
2. Посчитать с квантовой водой
3. Протестировать GMX_QMMM_VARIANT (1, 0, eqmmmVACUO)... Alexander Zlobin

11:38 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

GMX-DFTB+ на системе без ММ части (параоксон в кубике). RMSD по всем атомам отлично считается.
GMX-DFTB3 на систем... Alexander Zlobin