Activity

From 17.04.2021 to 16.05.2021

16.05.2021

Avatar?id=882&size=24 22:58 Project #410: Улучшение А17
На текущий момент есть 2 основные проблемы:
1) Тест-система для первой стадии не работает. Падения. См. тикет 390
2...
Alexander Zlobin
Avatar?id=882&size=24 22:53 Project #410 (Closed): Улучшение А17
Тикет верхнего уровня для структурирования работ по А17.
Направления улучшений:
1) Улучшение 1й стадии
2) Создан...
Alexander Zlobin

15.05.2021

Avatar?id=882&size=24 12:16 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном
Дублирование связей и углов не помогло в реальной системе Alexander Zlobin

12.05.2021

Avatar?id=882&size=24 16:50 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном
D-орбиталь азота ничего не изменила, быстрое падение. Alexander Zlobin
Avatar?id=882&size=24 15:17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном
BREAKING NEWS
Дублирование связей и углов из механики для части квантовой системы (от мостикового кислорода до нитро...
Alexander Zlobin
Avatar?id=882&size=24 14:53 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном
1) Принял в работу
2) Нет, падение не сопровождается отслеживаемыми глазом геометрическими событиями
Допишу также...
Alexander Zlobin

11.05.2021

12:43 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном
1) Есть смысл проверить MaxAngularMomentum = d для азота?
2) Падение происходит при образовании PNP иона?
Andrey Golovin

05.05.2021

Avatar?id=882&size=24 17:41 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном
Итак, что-то явно происходит особенное с параоксоном - ДФП работает отлично, реакция проходит шикарно.
Параллельн...
Alexander Zlobin

02.05.2021

11:33 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном
Саша, на всякий случай укажите директорию где вы это делаете. Для горизонтальной передачи знаний. Andrey Golovin

01.05.2021

Avatar?id=882&size=24 18:52 Exploration #390 (In Progress): Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном
Alexander Zlobin

30.04.2021

Avatar?id=882&size=24 17:10 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном
Note: формально это не часть проекта РНФ-абзим, это часть РФФИ-Сириус. Однако статейно конечно в любом случае подходи... Alexander Zlobin
Avatar?id=882&size=24 17:04 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном
Лог от 30.04.2021. АЗло
Какие варианты были проработаны:
1. Отличие GMX-DFTB от GMX-DFTB+
1 ходок в GMX-DFTB п...
Alexander Zlobin
16:33 Exploration #390 (Closed): Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном
GMX-DFTB+ не может стабильно считать реакцию с параоксоном в системе тирозин-глутамат. Задача этого проекта - максима... Andrey Golovin
 

Also available in: Atom