Структурная Биоинформатика¶

• Цель дисциплины – Сформировать уровень компетенции студентов, достаточный для использования наиболее распространённых подходов структурной биоинформатики для решения стандартных задач молекулярной биологии.

• Задача дисциплины: – Ознакомить слушателей с основными подходами и научить слушателей приемам структурной биоинформатики. Ключевым моментом практических занятий является использование открытого программного обеспечения.

Преподаватель:

Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail: golovin@genebee.msu.ru

Содержание страницы курса.¶

• Структурная Биоинформатика
  • Содержание страницы курса.
  • Форум для обсуждения вопросов по практическим заданиям
  • Результаты самостоятельной работы.
  • Вопросы к зачёту
  • Программа курса «Структурная биоинформатика».
  • Видеозапись и презентации к лекциям
  • Как выставляется итоговая оценка по курсу.
  • Рекомендованная литература

Форум для обсуждения вопросов по практическим заданиям¶

http://vsb.fbb.msu.ru/projects/edu/boards/1

Результаты самостоятельной работы.¶

Результаты выполнения домашних заданий отмечаются в общедоступном файле google таблиц:
https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdFN3Y2loOWlyTlRLdThibllrbEZmdVE#gid=1

Вопросы к зачёту¶

Вопросы к устному зачёту через google talks

Время зачёта согласуется по почте.

Программа курса «Структурная биоинформатика».¶

1. Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB
2. PyMol, инструмент визуализации структур.
3. Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)
4. Предсказание и определение вторичной структуры белка.
5. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
6. Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
7. Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
8. Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
9. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
10. Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

Видеозапись и презентации к лекциям¶

Лекция 1. Строение белков. Структура и организация.

Файл презентации Практическое занятие №1

Лекция 2. PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур.

Файл презентации Практическое занятие №2

Лекция 3. Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)

Файл презентации Практическое занятие №3

Лекция 4. Предсказание вторичной структуры белка.

Файл презентации Практическое занятие №4

Лекция 5. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки.

Файл презентации Практическое занятие №5

Лекция 6. Молекулярная динамика. Моделирование самосборки белка.

Файл презентации Практическое занятие №6

Лекция 7. Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика.

Файл презентации Практическое занятие №7

Лекция 8. Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP.

Файл презентации Практическое занятие №8

Лекция 9. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.

Файл презентации Практическое занятие №9

Лекция 10. Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

Файл презентации/ Статья про ZDOCK Практическое занятие №10

Как выставляется итоговая оценка по курсу.¶

Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все.

Рекомендованная литература¶

• Bourne, P.E., and Gu, J. (2009) Structural Bioinformatics (2nd edition), John Wiley & Sons, New York, ISBN 978-0-470-18105-8
• Bourne, P.E., and Weissig, H. (2003) Structural Bioinformatics, Wiley ISBN 0-471-20199-5
• Leach, Andrew (2001) Molecular Modelling: Principles and Applications (2nd edition), Prentice Hall, ISBN 978-0-582-38210-7