Структурная Биоинформатика¶

• Структурная Биоинформатика
  • Общая информация
  • Форум для обсуждения вопросов по практическим заданиям
  • Результаты самостоятельной работы.
  • Вопросы к зачёту
  • Программа курса «Структурная биоинформатика».
  • Видеозапись и презентации к лекциям
  • Как выставляется итоговая оценка по курсу.
  • Рекомендованная литература

Общая информация¶

Преподаватель:

Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail: golovin@genebee.msu.ru

Форум для обсуждения вопросов по практическим заданиям¶

http://vsb.fbb.msu.ru/projects/edu/boards/1

Результаты самостоятельной работы.¶

Результаты выполнения домашних заданий отмечаются в общедоступном файле google таблиц:
https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdFN3Y2loOWlyTlRLdThibllrbEZmdVE#gid=1

Вопросы к зачёту¶

Вопросы к устному зачёту через google talks

Время зачёта согласуется по почте.

Программа курса «Структурная биоинформатика».¶

1. Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB
2. PyMol, инструмент визуализации структур.
3. Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)
4. Предсказание и определение вторичной структуры белка.
5. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
6. Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
7. Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
8. Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
9. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
10. Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

Видеозапись и презентации к лекциям¶

Лекция 1. Строение белков. Структура и организация.

Файл презентации Практическое занятие №1

Лекция 2. PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур.

Файл презентации Практическое занятие №2

Лекция 3. Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)

Файл презентации Практическое занятие №3

Лекция 4. Предсказание вторичной структуры белка.

Файл презентации Практическое занятие №4

Лекция 5. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки.

Файл презентации Практическое занятие №5

Лекция 6. Молекулярная динамика. Моделирование самосборки белка.

Файл презентации Практическое занятие №6

Лекция 7. Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика.

Файл презентации Практическое занятие №7

Лекция 8. Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP.

Файл презентации Практическое занятие №8

Лекция 9. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.

Файл презентации Практическое занятие №9

Лекция 10. Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

Файл презентации/ Статья про ZDOCK Практическое занятие №12

Как выставляется итоговая оценка по курсу.¶

Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все.

Рекомендованная литература¶