Моделирование вторичной структуры белка.¶

Задание:¶

Суть задания состоит в описании вторичной структуры белка лизоцима исходя из его третичной структуры 1LMP и сравнения с современными алгоритмами предсказывающими вторичные структуры белков на основе информации о последовательности.

Материалы и методы:

• Банк данных PDB, www.pdb.org.
• Поиск в интернете, www.google.com.
• Pymol, www.pymol.org
• Расчёт вторичной структуры на основе третичной структуры, Stride, http://webclu.bio.wzw.tum.de/cgi-bin/stride/stridecgi.py
• Предсказание алгоритмом GOR V, http://gor.bb.iastate.edu/
• Предсказание алгоритмом Jpred, http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/.
• Агрегатор алгоритмов NPSA, http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_seccons.html

Выполнение:¶

1. Зайдите на сайт PDB, перейдите к записи 1LMP, скачайте структуру и последовательность.
2. Для расчёта с помощью stride достаточно в форме запроса на сайте написать 1lmp.
3. Предсказание с GOR V. Используйте последовательность лизоцима из пункта 1. Вставтте из буфера обмена последовательность в форму «Paste a protein sequence below»
4. При предсказании с Jpred тоже используйте последовательность белка из пункта 1. Так как Jpred проверяет наличие последовательности в банке PDB, вам необходимо после уведомления продолжить предсказывание нажав кнопку continue.
5. Работа с агрегатором алгоритмов аналогично пунктам 5 и 4.
6. Компактно расположите предсказания под последовательностью и сделайте заключение об проблемных элементах для каждого алгоритма.