Предсказание вторичной структуры РНК¶

Задание:
Сравните методы предсказания вторичной структуры РНК и оцените степень достоверности разных алгоритмов предсказания.

• Алгоритм Зукера, MFOLD, http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold/RNA-Folding-Form
• RNAfold из Viena RNA package, http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi
• ContraFold http://contra.stanford.edu/contrafold/server.html
• Банк данных о семействах РНК,RFAM, http://rfam.sanger.ac.uk
• Выравнивание последовательностей РНК, http://bioinf.fbb.msu.ru/RNAAlign/input.jsp

1. Постройте структуру для последовательности: GGGCCCGUGGUCUAGUUGGUCAUGACGCCGCCCUUACGAGGCGGAGGUCCGGGGUUCAAGUCCCCGCGGGCCCACCA, используя:
   • Mfold , http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold/RNA-Folding-Form
   • Viena RNA package http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi
   • ContraFold http://contra.stanford.edu/contrafold/server.html
     Все предложенные сервисы имеют близкий интерфейс. Пользователь вводит в форму последовательность и запускает сервис.
2. Сравните предсказанные вторичные структуры с результатами поиска последовательности по базе данных семейств РНК,RFAM. Вероятно ответ не будет совпадать со результатами предсказания вторичной структуры.
3. Сделайте предсказание вторичной структуры вашей последовательности РНК на основе выравнивания с гомологами из банка RFAM. На сайте RFAM сгенерируйте seed выравнивание для найденного семейства в fasta формате без гэпов. Создайте текстовой файл fasta формата примерного содержания:
   

   >x1
   GGGCCCGUGGUCUAGUUGGUCAUGACGCCGCCCUUACGAGGCGGAGGUCCGGGGUUCAAGUCCCCGCGGGCCCACCA
   >х2
   GGG...
   

   
   где будут указаны три последовательности из seed выравнивания из банка RFAM.
   • Постройте выравнивание из этих последовательностей используя страницу запроса на http://bioinf.fbb.msu.ru/RNAAlign/input.jsp
   • Получите выравнивание и скопируйте его в текстовый файл, удалите знаки табуляции.
   • Постройте вторичную структуру на основе полученного выравнивания на RNAalifold на сервере http://rna.tbi.univie.ac.at/ .
4. Изучите другие возможности серверов из пакета Viena RNA package на http://rna.tbi.univie.ac.at/
5. Попробуйте построить третичную структуру вашей тРНК с попмощью: http://dualopt1.cmm.msu.ru/