Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Структурная Биоинформатика

* Цель дисциплины – Сформировать уровень компетенции студентов, достаточный для использования наиболее распространённых подходов структурной биоинформатики для решения стандартных задач молекулярной биологии.

* Задача дисциплины: – Ознакомить слушателей с основными подходами и научить слушателей приемам структурной биоинформатики. Ключевым моментом практических занятий является использование открытого программного обеспечения. {{toc}}

h2. Общая информация

*Преподаватель*:

Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail: golovin@genebee.msu.ru

h2. Содержание страницы курса.

{{toc}}

h2. Форум для обсуждения вопросов по практическим заданиям

http://vsb.fbb.msu.ru/projects/edu/boards/1

h2. Результаты самостоятельной работы.

Результаты выполнения домашних заданий отмечаются в общедоступном файле google таблиц:
https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdFN3Y2loOWlyTlRLdThibllrbEZmdVE#gid=1

h2. Вопросы к зачёту

[[Qest|Вопросы к устному зачёту через google talks]]

Время зачёта согласуется по почте.

h2. Программа курса «Структурная биоинформатика».

# Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB
# PyMol, инструмент визуализации структур.
# Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)
# Предсказание и определение вторичной структуры белка.
# Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
# Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
# Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
# Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
# Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
# Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

h2. Видеозапись и презентации к лекциям

*Лекция 1.* Строение белков. Структура и организация.

{{dmsf(217, Файл презентации)}} [[Shad/Task1| Практическое занятие №1]]

*Лекция 2.* PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур.

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=NwFOzVjxeIQ)}}

{{dmsf(218, Файл презентации)}} [[Shad/Task2| Практическое занятие №2]]

*Лекция 3.* Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=wYPiPfFy1n4)}}

{{dmsf(249, Файл презентации)}} [[Shad/Task3| Практическое занятие №3]]

*Лекция 4.* Предсказание вторичной структуры белка.

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=STThFtFUPBA)}}

{{dmsf(13, Файл презентации)}} [[Shad/Task4| Практическое занятие №4]]

*Лекция 5.* Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки.

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=5G1vTDGG0lQ)}}

{{dmsf(14, Файл презентации)}} [[Shad/Task5| Практическое занятие №5]]

*Лекция 6.* Молекулярная динамика. Моделирование самосборки белка.

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=Otfoz0fo4GM)}}

{{dmsf(18, Файл презентации)}} [[Shad/Task6| Практическое занятие №6]]

*Лекция 7.* Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика.

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=unEMlugZ8pY)}}

{{dmsf(16, Файл презентации)}} [[Shad/Task7| Практическое занятие №7]]

*Лекция 8.* Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP.

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=xHnalWWvLUk)}}

{{dmsf(17, Файл презентации)}} [[Shad/Task8| Практическое занятие №8]]

*Лекция 9.* Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=zoYtgnworBY)}}

{{dmsf(19, Файл презентации)}} [[Shad/Task9| Практическое занятие №9]]

*Лекция 10.* Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=snFp2HZbApc)}}

{{dmsf(22, Файл презентации)}}/ {{dmsf(23, Статья про ZDOCK)}} [[Shad/Task12| [[Shad/Task10| Практическое занятие №10]] №12]]

h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу.

Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все.

h2. Рекомендованная литература

* Bourne, P.E., and Gu, J. (2009) Structural Bioinformatics (2nd edition), John Wiley & Sons, New York, ISBN 978-0-470-18105-8
* Bourne, P.E., and Weissig, H. (2003) Structural Bioinformatics, Wiley ISBN 0-471-20199-5
* Leach, Andrew (2001) Molecular Modelling: Principles and Applications (2nd edition), Prentice Hall, ISBN 978-0-582-38210-7