Макромолекулярный докинг¶

Суть задания ознакомиться с программой ZDOCK и сделать предсказание о свзывании фрагмента антитела (VHH domain) c панкреатической альфа-амилазой.

1. Вся работа будет происходить на shadbox (cм. предыдущие практикумы).
2. Скопируем в рабочую директорию файлы amilase.pdb,camelid.pdb и uniCHARMM.
   

   cp ~/materials/zdock/* .
   

3. Обратите внимание, что в файле amilase.pdb есть некоторые водороды. Давайте добавим водороды к обеим pdb исполльзуя pdb2gmx.
   Пример:
   

   pdb2gmx -f мой.pdb -o мой_h.pdb -p

   
   Используйте силовое поле Gromos. Опция -ignh позволит избежать ошибки об unknown atoms.
4. С помощью утилиты mark_sur проведём препроцессинг файлов pdb.
   Пример:
   

   mark_sur my.pdb my_m.pdb

5. Постарайтесь разобраться в том, что делает утилита mark_sur, внесите ваше предположение в отчёт.
6. Прочитайте информацию об использовании zdock просто запустив его.
   + Для успешной работы zrank и zdock из pdb файлов надо удалить строчки MODEL и TER +
7. Запустите сам процесс докинга.
8. Проведите предварительный анализ результатов докинга с помощью утилиты zrank:

Забавно, но для работы zrank НАДО удалить третью строчку в zdock.out где три значения и все равны нулю

zrank zdock.out 1 100

или

create.pl zdock.out
ls complex*pdb >list
zrank list

# Визуально сравните результаты с известной структурой 1kxt. # * Если Вас результат не устроил, попробуйте опцию -D программы zdock # * Попробуйте найти в ваших результатах структуру наиболее близкую к результату РСА. Используйте скрипт на bash с использованием g_rms.