Структурная Биоинформатика (МФК)¶

Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail: golovin@genebee.msu.ru

Вопросы к зачёту¶

Вопросы к зачёту

Предварительный зачёт будет в среду 11.12.13 в компьютерном классе (207)
Проставление зачёта в книжки в среду 18.12.13 будет в компьютерном классе (207)

• Структурная Биоинформатика (МФК)
  • Вопросы к зачёту
  • Результаты работ.
  • Программа курса «Структурная биоинформатика».
  • Презентации к лекциям
  • Домашние задания
  • Как выставляется итоговая оценка по курсу.
  • Рекомендованная литература

Результаты работ.¶

Программа курса «Структурная биоинформатика».¶

1. Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB
2. PyMol, инструмент визуализации структур.
3. Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)
4. Предсказание и определение вторичной структуры белка.
5. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
6. Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
7. Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
8. Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
9. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
10. Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

Презентации к лекциям¶

Лекция 1. Строение белков. Структура и организация. Презентация

Лекция 2. PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур. Презентация

Лекция 3. Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go) Презентация

Лекция 4. Предсказание вторичной структуры белка.Презентация

Лекция 5. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. Презентация

Лекция 6. Молекулярная динамика. Моделирование самосборки белка.Презентация

Лекция 7. Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. Презентация

Лекция 8. Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP.Презентация

Лекция 9. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.Презентация

Лекция 10. Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.Презентация / Статья про ZDOCK

Домашние задания¶

• Занятие 1
• Занятие 2
  • Ответы на вопросы
• Занятие 3
• Занятие 4
• Занятие 5
• Занятие 6
• Занятие 7
• Занятие 8
• Занятие 9
• Занятие 10

Как выставляется итоговая оценка по курсу.¶

Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все.

Рекомендованная литература¶