Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Структурная Биоинформатика (МФК)

Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail: golovin@genebee.msu.ru

h2. Вопросы к зачёту

[[Qest|Вопросы к зачёту]]

> Предварительный зачёт будет Занятия в среду 11.12.13 4.12.13 будут в компьютерном классе (207)
> Проставление зачёта в книжки в среду 18.12.13 будет в компьютерном классе (207)



{{toc}}

h2. Результаты работ.

h2. Программа курса «Структурная биоинформатика».

# Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB
# PyMol, инструмент визуализации структур.
# Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)
# Предсказание и определение вторичной структуры белка.
# Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
# Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
# Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
# Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
# Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
# Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

h2. Презентации к лекциям

*Лекция 1.* Строение белков. Структура и организация. {{dmsf(217, Презентация)}}

*Лекция 2.* PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур. {{dmsf(218, Презентация)}}

*Лекция 3.* Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go) {{dmsf(249, Презентация)}}

*Лекция 4.* Предсказание вторичной структуры белка.{{dmsf(13, Презентация)}}

*Лекция 5.* Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. {{dmsf(14, Презентация)}}

*Лекция 6.* Молекулярная динамика. Моделирование самосборки белка.{{dmsf(18, Презентация)}}

*Лекция 7.* Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. {{dmsf(16, Презентация)}}

*Лекция 8.* Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP.{{dmsf(17, Презентация)}}

*Лекция 9.* Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.{{dmsf(19, Презентация)}}

*Лекция 10.* Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.{{dmsf(22, Презентация)}} / {{dmsf(23, Статья про ZDOCK)}}

h2. Домашние задания

* [[Shad/Task1| Занятие 1]]
* [[Shad/Task2| Занятие 2]]
** [[Shad/Task2QA | Ответы на вопросы ]]
* [[Chem/Task3| Занятие 3]]
* [[Shad/Task3| Занятие 4]]
* [[Shad/Task4| Занятие 5]]
* [[Shad/Task6| Занятие 6]]
* [[Shad/Task7| Занятие 7]]
* [[Shad/Task8| Занятие 8]]
* [[Shad/Task9| Занятие 9]]
* [[Shad/Task12| Занятие 10]]

h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу.

Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все.

h2. Рекомендованная литература