Структурная Биоинформатика (6ой курс ХПС МГУ)¶

Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail: golovin@genebee.msu.ru

• Структурная Биоинформатика (6ой курс ХПС МГУ)
  • Результаты работ.
  • Программа курса «Структурная биоинформатика».
  • Презентации к лекциям
  • Домашние задания
  • Как выставляется итоговая оценка по курсу.
  • Рекомендованная литература

Результаты работ.¶

Программа курса «Структурная биоинформатика».¶

1. Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)
2. Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB
3. PyMol, инструмент визуализации структур.
4. Предсказание и определение вторичной структуры белка.
5. Молекулярная механика. Силовые поля.
6. Молекулярная динамика.
7. Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
8. Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
9. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
10. Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
11. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
12. ????Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
13. Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

Презентации к лекциям¶

Лекция 1. Строение белков. Структура и организация. Презентация

Лекция 2. PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур. Презентация

Лекция 3. Предсказание вторичной структуры белка.Презентация

Лекция 4. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. Презентация

Лекция 5. Молекулярная механика. Силовые поля. Презентация

Лекция 6. Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. Презентация

Лекция 7. Молекулярная динамика.Презентация

Лекция 8. Моделирование самосборки белка.Презентация

Лекция 9. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.Презентация

Лекция 10. Базы данных: SCOP, CATH; соревнование CASP.Презентация

Лекция 11. Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.Презентация

Лекция 12. Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.Презентация / Статья про ZDOCK

Домашние задания¶

• Занятие 1
• Занятие 2
• Занятие 3
• Занятие 4
• Занятие 5
• Занятие 6
• Занятие 7
• Занятие 8
• Занятие 9
• Занятие 10
• Занятие 12

Как выставляется итоговая оценка по курсу.¶

Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все.

Рекомендованная литература¶