History

Wiki »

« Previous - Version 15/20 (diff) - Next » - Current version
Andrey Golovin, 27.11.2013 16:49

Структурная Биоинформатика (МФК)

Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail:

Результаты работ.

Программа курса «Структурная биоинформатика».

  1. Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB
  2. PyMol, инструмент визуализации структур.
  3. Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)
  4. Предсказание и определение вторичной структуры белка.
  5. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
  6. Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
  7. Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
  8. Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
  9. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
  10. Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

Презентации к лекциям

Лекция 1. Строение белков. Структура и организация. Презентация

Лекция 2. PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур. Презентация

Лекция 3. Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go) Презентация

Лекция 4. Предсказание вторичной структуры белка.Презентация

Лекция 5. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. Презентация

Лекция 6. Молекулярная динамика. Моделирование самосборки белка.Презентация

Лекция 7. Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. Презентация

Лекция 8. Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP.Презентация

Лекция 9. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.Презентация

Лекция 10. Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.Презентация / Статья про ZDOCK

Домашние задания

Как выставляется итоговая оценка по курсу.

Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все.

Рекомендованная литература