Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы » Структурная биоинформатика в ВШЭ

h1. Вопросы к экзамену

# Волновая функция, причина использования, комплексность,физический смысл. Операторы и ожидаемые значения.  

# Точное решение уравнения Шредингера Одно-электронный атом. Способ решения, сферические гармоники.

# Базисные наборы квантовой химии. Гауссианы и примеры использования.

# Молекулярная механика Простое уравнение силового поля. Потенциалы ковалентных и нековалентных взаимодействий, источники значений параметров.   

# Крупнозернистое описание белков, недостатки и преимущества, Martini

# Электростатические взаимодействия. Двойное обрезание, суммирование Эвальда, PME, особенности применения 

# Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия, взаимодействия между разными типами атомов, источники параметров, flat-bottom потенциалы

# Молекулярная динамика, Алгоритмы интегратора, особенности выбора шага, LINCS

# Периодические граничные условия, формы ячейки, влияние отступа на динамику белка.  

# Температура, Контроль давления в системе, принципы скалирования и стохастика.  

# Гибридное QM/ММ моделирование. Разделение систем. Встраивание электростатики. Атомы заглушки. 

# Коллективные перемеренные, выбор. Признаки оптимальных  переменных. Использование значений CV для влияния на эволюцию системы. 

# Метадинамика. Формулировка и основной принцип. 

# Сравнительное моделирование. Шаги построения структуры, источники ошибок, 

# AlphaFold 2 основные модули 

# Предсказание структуры белка Ab initio, REMD, Rosetta AbinitioFold

# Галлюцинации и RFDiffusion 

# Термодинамическая пертурбация. Алхимия. Формулировка и требования к выбору констант, сходимость. 

# Потенциал средней силы. Описание метода, формулировка, сходимость. 

# Линейное представление молекул, SMILES, свободное описание любой молекулы.

# SMARTS: паттерны для SMILES. Примеры.