Вопросы к экзамену¶

1. Волновая функция, причина использования, комплексность,физический смысл. Операторы и ожидаемые значения.
2. Точное решение уравнения Шредингера Одно-электронный атом. Способ решения, сферические гармоники.
3. Базисные наборы квантовой химии. Гауссианы и примеры использования.
4. Молекулярная механика Простое уравнение силового поля. Потенциалы ковалентных и нековалентных взаимодействий, источники значений параметров.
5. Крупнозернистое описание белков, недостатки и преимущества, Martini
6. Электростатические взаимодействия. Двойное обрезание, суммирование Эвальда, PME, особенности применения
7. Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия, взаимодействия между разными типами атомов, источники параметров, flat-bottom потенциалы
8. Молекулярная динамика, Алгоритмы интегратора, особенности выбора шага, LINCS
9. Периодические граничные условия, формы ячейки, влияние отступа на динамику белка.
10. Температура, Контроль давления в системе, принципы скалирования и стохастика.
11. Гибридное QM/ММ моделирование. Разделение систем. Встраивание электростатики. Атомы заглушки.
12. Коллективные перемеренные, выбор. Признаки оптимальных переменных. Использование значений CV для влияния на эволюцию системы.
13. Метадинамика. Формулировка и основной принцип.
14. Моделирование отжига. Цель применения и основные ограничения
15. Сравнительное моделирование. Шаги построения структуры, источники ошибок, AlphaFold 2
16. Предсказание структуры белка Ab initio, REMD, Rosetta AbinitioFold
17. AlphaFold, RosettaFold
18. RFDiffusion
19. Термодинамическая пертурбация. Алхимия. Формулировка и требования к выбору констант, сходимость.
20. Потенциал средней силы. Описание метода, формулировка, сходимость.
21. Линейное представление молекул, SMILES, свободное описание любой молекулы.
22. SMARTS: паттерны для SMILES. Примеры.
23. Докинг белок-низкомолеклярный лиганд, основной алгоритм, размер ячейки, конформационная подвижность лиганда.
24. Белок-Белковый докинг. Основной принцип, zdock, комплементарность поверхности.