Tests
Version 3 (Andrey Golovin, 21.11.2022 18:39) → Version 4/5 (Andrey Golovin, 19.12.2024 16:32)
h1. Вопросы к экзамену
# Волновая функция, причина использования, комплексность,физический смысл. Операторы и ожидаемые значения.
# Точное решение уравнения Шредингера Одно-электронный атом. Способ решения, сферические гармоники.
# Базисные наборы квантовой химии. Гауссианы и примеры использования.
# Молекулярная механика Простое уравнение силового поля. Потенциалы ковалентных и нековалентных взаимодействий, источники значений параметров.
# Крупнозернистое описание белков, недостатки и преимущества, Martini
# Электростатические взаимодействия. Двойное обрезание, суммирование Эвальда, PME, особенности применения
# Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия, взаимодействия между разными типами атомов, источники параметров, flat-bottom потенциалы
# Молекулярная динамика, Алгоритмы интегратора, особенности выбора шага, LINCS
# Периодические граничные условия, формы ячейки, влияние отступа на динамику белка.
# Температура, Контроль давления в системе, принципы скалирования и стохастика.
# Гибридное QM/ММ моделирование. Разделение систем. Встраивание электростатики. Атомы заглушки.
# Коллективные перемеренные, выбор. Признаки оптимальных переменных. Использование значений CV для влияния на эволюцию системы.
# Метадинамика. Формулировка и основной принцип.
# Моделирование отжига. Цель применения и основные ограничения
# Сравнительное моделирование. Шаги построения структуры, источники ошибок, AlphaFold 2
# Предсказание структуры белка Ab initio, REMD, Rosetta AbinitioFold
# AlphaFold, RosettaFold
# RFDiffusion
# Термодинамическая пертурбация. Алхимия. Формулировка и требования к выбору констант, сходимость.
# Потенциал средней силы. Описание метода, формулировка, сходимость.
# Линейное представление молекул, SMILES, свободное описание любой молекулы.
# SMARTS: паттерны для SMILES. Примеры.
# Докинг белок-низкомолеклярный лиганд, основной алгоритм, размер ячейки, конформационная подвижность лиганда.
# Белок-Белковый докинг. Основной принцип, zdock, комплементарность поверхности.
# Волновая функция, причина использования, комплексность,физический смысл. Операторы и ожидаемые значения.
# Точное решение уравнения Шредингера Одно-электронный атом. Способ решения, сферические гармоники.
# Базисные наборы квантовой химии. Гауссианы и примеры использования.
# Молекулярная механика Простое уравнение силового поля. Потенциалы ковалентных и нековалентных взаимодействий, источники значений параметров.
# Крупнозернистое описание белков, недостатки и преимущества, Martini
# Электростатические взаимодействия. Двойное обрезание, суммирование Эвальда, PME, особенности применения
# Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия, взаимодействия между разными типами атомов, источники параметров, flat-bottom потенциалы
# Молекулярная динамика, Алгоритмы интегратора, особенности выбора шага, LINCS
# Периодические граничные условия, формы ячейки, влияние отступа на динамику белка.
# Температура, Контроль давления в системе, принципы скалирования и стохастика.
# Гибридное QM/ММ моделирование. Разделение систем. Встраивание электростатики. Атомы заглушки.
# Коллективные перемеренные, выбор. Признаки оптимальных переменных. Использование значений CV для влияния на эволюцию системы.
# Метадинамика. Формулировка и основной принцип.
# Моделирование отжига. Цель применения и основные ограничения
# Сравнительное моделирование. Шаги построения структуры, источники ошибок, AlphaFold 2
# Предсказание структуры белка Ab initio, REMD, Rosetta AbinitioFold
# AlphaFold, RosettaFold
# RFDiffusion
# Термодинамическая пертурбация. Алхимия. Формулировка и требования к выбору констант, сходимость.
# Потенциал средней силы. Описание метода, формулировка, сходимость.
# Линейное представление молекул, SMILES, свободное описание любой молекулы.
# SMARTS: паттерны для SMILES. Примеры.
# Докинг белок-низкомолеклярный лиганд, основной алгоритм, размер ячейки, конформационная подвижность лиганда.
# Белок-Белковый докинг. Основной принцип, zdock, комплементарность поверхности.