Структурная биоинформатика в ВШЭ¶

Андрей Головин, д.х.н., профессор факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail: golovin@fbb.msu.ru

• Структурная биоинформатика в ВШЭ
  • Форма для сдачи самостоятельных работ.
  • Результаты работ.
  • Программа курса «Структурная биоинформатика».
  • Презентации к лекциям
  • Практические задания
  • Как выставляется итоговая оценка по курсу.
  • Вопросы к экзамену
  • Рекомендованная литература

Форма для сдачи самостоятельных работ.¶

https://forms.gle/Yi7mqtFzkPCacdhc7

Результаты работ.¶

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1cgW-DTyFY1XSifrtOUmRRJIKjgo3fOqvJ1x-E_pJrg8/edit?usp=sharing

Программа курса «Структурная биоинформатика».¶

1. Строение белков. Аимнокислоты. Структуры. Банк PDB
2. PyMol, инструмент визуализации структур.
3. Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика
4. Предсказание и определение вторичной структуры белка.
5. Молекулярная механика. Силовые поля.
6. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
7. Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
8. Молекулярная динамика.
9. Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
10. Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
11. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии. Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
12. Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

Презентации к лекциям¶

Новые варианты лекций: https://vsb.fbb.msu.ru/share/golovin/hse_lectures/

---

Лекция 1. Строение белков. Структура и организация. Презентация

Лекция 2. Моделирование. PyMol как среда визуализации и редактирования 3D структур. Презентация

Лекция 3. Поиск новых биоактивных молекул и хемоинформатика.Презентация

Лекции 4-5. Квантовая химия. Молекулярная механика. Силовые поля. Презентация

Лекция 6. Модификации молекулярной динамики. Методы Монте-Карло. Презентация

Лекция 7. Моделирование структуры белков. Презентация

Лекция 8. Свойства лигандов. Построение лигандов. QSAR. Докинг. Презентация

Лекция 9. Расчёты свободной энергии Презентация

Лекция 10. Предсказание вторичной структуры белка; SCOP, CATH; соревнование CASPР Презентация

Лекция 11. Структура нуклеиновых кислот и хроматин Презентация

Практические задания¶

• Занятие 1
• Занятие 2
• Занятие 3
• Занятие 4
• Занятие 5
• Занятие 6
• Занятие 7
• Занятие 8
• Занятие 9

Как выставляется итоговая оценка по курсу.¶

Для зачета достаточно сдать все практикумы на тройку. Обязательно все.

Вопросы к экзамену¶

Вопросы к экзамену

Рекомендованная литература¶

Книги на books.google.com:

• Molecular Modelling. Priciples and Applications (Leach R. Andrew)
• Modelling Molecular Structures (Hinchlffe Alan)
• New algorithms for macromolecular simulation (B. Leimkuhler, Christophe Chipot, Ron Elber)
• Computer simulation of biomolecular systems: theoretical and experimental application ( Wilfred F. van Gunsteren, Paul K. Weiner )