Overview

Структурная биоинформатика в ВШЭ

Андрей Головин, д.х.н., доцент факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail:

Почта для заданий:

Результаты работ.

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1DMdCurR4IU4bWxoQx4VAXYj4vnaaXu08IJ-FSuoA-rk/edit?usp=sharing

Программа курса «Структурная биоинформатика».

  1. Строение белков. Аимнокислоты. Структуры. Банк PDB
  2. PyMol, инструмент визуализации структур.
  3. Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика
  • Предсказание и определение вторичной структуры белка.
  • Молекулярная механика. Силовые поля.
  • Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
  • Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
  • Молекулярная динамика.
  • Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
  • Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
  • Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии. Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
  • Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

Презентации к лекциям

Лекция 1. Строение белков. Структура и организация. Презентация

Лекция 2. Моделирование. PyMol как среда визуализации и редактирования 3D структур. Презентация

Лекция 3. Поиск новых биоактивных молекул и хемоинформатика.Презентация

Лекции 4-5. Квантовая химия. Молекулярная механика. Силовые поля. Презентация

Лекция 6. Модификации молекулярной динамики. Методы Монте-Карло. Презентация

Лекция 7. Моделирование структуры белков. Презентация

Лекция 8. Свойства лигандов. Построение лигандов. QSAR. Докинг. Презентация

Лекция 9. Расчёты свободной энергии Презентация

Лекция 10. Предсказание вторичной структуры белка; SCOP, CATH; соревнование CASPР Презентация

Лекция 11. Структура нуклеиновых кислот и хроматин Презентация

Домашние задания

Как выставляется итоговая оценка по курсу.

Достаточно сдать все практикумы на тройку. Обязательно все.

Рекомендованная литература

Issue tracking

View all issues

Members

Head: Andrey Golovin
Students: Student HSE

Latest news

напоминание
В пятницу занятие про практикумы
Added by Andrey Golovin about 1 month ago

практикум 8 стал 9
практикум 8 стал 9 , а на месте 8ого появился практикум с теромостатами
Added by Andrey Golovin about 1 month ago

подсказка про лиганд в гомологичном моделировании
Added by Andrey Golovin about 1 month ago

shadbox nglview
nglview работает на shadbox
Added by Andrey Golovin 3 months ago

Задание 5
Добавил задание 5
Added by Andrey Golovin 3 months ago

View all news