Вопросы к экзамену¶

• Волновая функция
• Точное решение уравнения Шредингера Одно-электронный атом
• Базисные наборы
• Молекулярная механика Простое уравнение силового поля
• Martini
• Электростатические взаимодействия. Двойное обрезание Суммирование Эвальда
• Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия Взаимодействия между разными типами атомов
• Молекулярная динамика Алгоритмы интегратора
• Периодические граничные условия
• Температура Контроль давления в системе
• Гибридное QM/ММ моделирование
• Коллективные перемеренные
• Метадинамика
• Моделирование отжига
• Сравнительное моделирование
• Степень идентичности и сравнительное моделирование
• Предсказание структуры белка Ab initio
• Термодинамическая пертурбация
• Потенциал средней силы
• Линейное представление молекул, SMILES
• SMARTS: паттерны для SMILES
• Фрагментарное построение лиганда
• QSAR, количественные соотношения структура/ активность
• Докинг белок-низкомолеклярный лиганд
• Белковый докинг
• Элементы вторичной структуры РНК
• Моделирование хроматина