Вопросы к экзамену¶

1. Волновая функция
2. Точное решение уравнения Шредингера Одно-электронный атом
3. Базисные наборы
4. Молекулярная механика Простое уравнение силового поля
5. Martini
6. Электростатические взаимодействия. Двойное обрезание Суммирование Эвальда
7. Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия Взаимодействия между разными типами атомов
8. Молекулярная динамика Алгоритмы интегратора
9. Периодические граничные условия
10. Температура Контроль давления в системе
11. Гибридное QM/ММ моделирование
12. Коллективные перемеренные
13. Метадинамика
14. Моделирование отжига
15. Сравнительное моделирование
16. Степень идентичности и сравнительное моделирование
17. Предсказание структуры белка Ab initio
18. Термодинамическая пертурбация
19. Потенциал средней силы
20. Линейное представление молекул, SMILES
21. SMARTS: паттерны для SMILES
22. Фрагментарное построение лиганда
23. QSAR, количественные соотношения структура/ активность
24. Докинг белок-низкомолеклярный лиганд
25. Белковый докинг
26. Элементы вторичной структуры РНК
27. Моделирование хроматина