Redmine

31.05.2021

17:09 Киназы антибиотикорезистентности Production #395: Параметризация AMP-PNP

*Пути до файлов с топологией*:
1) /home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/amp-pnp/parameterize/parameters/GAFF2/... July Belyaeva

16:56 Киназы антибиотикорезистентности Production #395: Параметризация AMP-PNP

*Слияние топологий*:
- в файле /home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/*amp-pnp*/parameterize/parameters/GAFF2/m... July Belyaeva

12:11 Киназы антибиотикорезистентности Production #395: Параметризация AMP-PNP

*Запуск parameterize для amp-pnp и amp-pnph производится со следующими параметрами*:
> parameterize Mol_m1-o1.mol2 -... July Belyaeva

13:40 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Пока реально тупик. Перемещаю фокус внимания на следующие действия:
1) Детально изучить оптимальный теозим, а не умо... Alexander Zlobin

29.05.2021

11:18 dNTPases Project #429 (New): Исследование возможных механизмов гидролиза ГТФазы MnmE

Есть 2 варианта как может протекать механизм гидролиза в mnme.
1) заключается в том, что в результате цепочки пер... Evgenia Elizarova

25.05.2021

13:33 A17 Soft #425 (Resolved): Собрать старый интерфейс на риппере

Нужен старый интерфейс GMX-DFTB3, который можно запускать на риппере.
- mpi
- plumed
Как вариант можете ределеги... Alexander Zlobin

23.05.2021

23:39 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

1. Ничего странного не наблюдается, миграции заряда к началу ароматической группы нет
2. Пока не сделал
3. 0 и eqmm... Alexander Zlobin

21.05.2021

14:44 dNTPases Exploration #421: Проработка сетапа для получения барьера

Цель - получить сетап, который позволяет оптимально производить расчет барьера реакции
В качестве метрики, оптимал... Evgenia Elizarova

20.05.2021

19:31 dNTPases Exploration #421 (New): Проработка сетапа для получения барьера

Evgenia Elizarova

19:07 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

1. Посмотреть эволюцию зарядов
2. Посчитать с квантовой водой
3. Протестировать GMX_QMMM_VARIANT (1, 0, eqmmmVACUO)... Alexander Zlobin

11:38 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

GMX-DFTB+ на системе без ММ части (параоксон в кубике). RMSD по всем атомам отлично считается.
GMX-DFTB3 на систем... Alexander Zlobin

16:14 Киназы антибиотикорезистентности Production #420 (New): Динамики с ATP

Нужно подготовить системы и прогнать динамики с ATP и его протонированными вариантами. Alexander Zlobin

16:12 Киназы антибиотикорезистентности Project #419 (New): Второй металл и протоны в AmiN

По механизму работы AmiN киназы остались вопросы. Так, не понятно, почему не связывается второй металл (или связывает... Alexander Zlobin

12:22 Киназы антибиотикорезистентности Production #395 (In Progress): Параметризация AMP-PNP

July Belyaeva

19.05.2021

15:08 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Alexander Zlobin wrote:
> Если считать RMSD по всем атомам POX, то Segmentation fault на первом же шаге.
> Если убр... Alexander Zlobin

18.05.2021

00:03 dNTPases Discussion #408: Обсудить прошедшую защиту и дальнейшие планы

Полагаю целесообразны следующие шаги:
1) Ознакомится Андрею Викторовичу с написанным в данном проекте в обоих issu... Evgenia Elizarova

21:42 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Следующий шаг в сборе информации для идей: мини-системы со старым интерфейсом Alexander Zlobin

12:31 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Если считать RMSD по всем атомам POX, то Segmentation fault на первом же шаге.
Если убрать расчет RMSD с атомов аром... Alexander Zlobin

17.05.2021

16:41 dNTPases Project #415 (In Progress): Заряд vs координация в MnmE

h1. Обзор
Калий нужен для работы MnmE. Почему? Что он делает? Кто еще может это делать, а кто не может (остаток, м... Alexander Zlobin

16:25 dNTPases Discussion #408: Обсудить прошедшую защиту и дальнейшие планы

Результаты созвона:
1. Следующий месяц воздержание от расчетов и собирание логики исследование в единый цельный пр... Alexander Zlobin

14:20 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Пока мы в тупике.
Из вариантов рассматриваю возможность набрать системной информации о падениях, сделав метадинами... Alexander Zlobin

16.05.2021

22:58 A17 Project #410: Улучшение А17

На текущий момент есть 2 основные проблемы:
1) Тест-система для первой стадии не работает. Падения. См. тикет 390
2... Alexander Zlobin

22:53 A17 Project #410 (Closed): Улучшение А17

Тикет верхнего уровня для структурирования работ по А17.
Направления улучшений:
1) Улучшение 1й стадии
2) Создан... Alexander Zlobin

13:22 dNTPases Discussion #408: Обсудить прошедшую защиту и дальнейшие планы

Созвон в 15:10 Alexander Zlobin

15.05.2021

12:42 dNTPases Discussion #408: Обсудить прошедшую защиту и дальнейшие планы

Женя, во сколько в понедельник созваниваемся? Alexander Zlobin

12:42 dNTPases Discussion #408 (Closed): Обсудить прошедшую защиту и дальнейшие планы

Договорились с Женей в понедельник обсудить ее прошедшую защиту. Так как велась запись, крайне рекомендую Андрею Викт... Alexander Zlobin

12:16 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Дублирование связей и углов не помогло в реальной системе Alexander Zlobin

12.05.2021

16:50 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

D-орбиталь азота ничего не изменила, быстрое падение. Alexander Zlobin

15:17 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

BREAKING NEWS
Дублирование связей и углов из механики для части квантовой системы (от мостикового кислорода до нитро... Alexander Zlobin

14:53 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

1) Принял в работу
2) Нет, падение не сопровождается отслеживаемыми глазом геометрическими событиями
Допишу также... Alexander Zlobin

11.05.2021

12:43 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

1) Есть смысл проверить MaxAngularMomentum = d для азота?
2) Падение происходит при образовании PNP иона? Andrey Golovin

05.05.2021

17:41 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Итак, что-то явно происходит особенное с параоксоном - ДФП работает отлично, реакция проходит шикарно.
Параллельн... Alexander Zlobin

04.05.2021

20:21 Киназы антибиотикорезистентности Production #395: Параметризация AMP-PNP

h3. Шаги работы для получения зарядов
1. Структуры AMP-PNP, AMP-PNP-h, и двух хвостов нарисовать в авогадро. Присв... Alexander Zlobin

14:28 Киназы антибиотикорезистентности Production #395: Параметризация AMP-PNP

Нужно дополнительное напоминание о процедуре запуска *RESP* (ранее этого не делала) на одном примере.
Также нужны... July Belyaeva

14:56 Киназы антибиотикорезистентности Exploration #406 (In Progress): Отбор систем-кандидатов (предреакционное состояние)

Была написана функция, которая обрабатывает pdb-файлы посчитанных 60 систем и считает для них ряд геометрических пара... July Belyaeva

03.05.2021

14:12 Киназы антибиотикорезистентности Production #397 (Resolved): Подготовка систем

Аккуратно и, по возможности, автоматизированно собрать системы.
Металлы:
* Mg
* MgLi
* MgMg
Фосфат:
* AMP... Alexander Zlobin

14:09 Киназы антибиотикорезистентности Production #396 (New): Динамики с ANP-PNP

Нужно подготовить системы и прогнать динамики с ANP-PNP и его протонированными вариантами. Alexander Zlobin

14:06 Киназы антибиотикорезистентности Production #395 (Resolved): Параметризация AMP-PNP

Есть основания полагать, что никакой из 60 паттернов протонирования/металлирования активного центра не может быть пох... Alexander Zlobin

02.05.2021

11:33 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Саша, на всякий случай укажите директорию где вы это делаете. Для горизонтальной передачи знаний. Andrey Golovin