Project #419

Avatar?id=882&size=50

Второй металл и протоны в AmiN

Added by Alexander Zlobin about 3 years ago. Updated over 2 years ago.

Status:NewStart date:03.05.2021
Priority:NormalDue date:01.11.2021
Assignee:Avatar?id=882&size=14Alexander Zlobin% Done:

83%

Category:-
Target version:-

Description

По механизму работы AmiN киназы остались вопросы. Так, не понятно, почему не связывается второй металл (или связывается плохо) - в окружении нет ничего мешающего. В hAmiN он отлично связывается, а в этом месте киназы очень похожи. Гипотеза: в AmiN происходит протонирование АТФ. Мы хотим выяснить, как на самом деле выглядит активный центр в предреакционном состоянии с учетом всех протонов. Наши критерии в порядке значимости:
1) Соответствие конформации из кристалла в механике во времени
2) Возможность протекания реакции
3) Плохое связывание второго металла


Subtasks

Production #396: Динамики с ANP-PNPNewJuly Belyaeva

Production #397: Подготовка системResolvedJuly Belyaeva

Production #395: Параметризация AMP-PNPResolvedJuly Belyaeva

Production #420: Динамики с ATPNewAlexander Zlobin

Exploration #406: Отбор систем-кандидатов (предреакционное состояние)In ProgressAlexander Zlobin

Also available in: Atom PDF