Edit History

Task2

Version 1 (Andrey Golovin, 04.10.2022 13:02)

1 1 Andrey Golovin 
h1. Работа с Pymol
2 1 Andrey Golovin 





    3
    1
    Andrey Golovin
    
> Это занятие и последующие содержат задачи и только *некторые* подсказки. Основной источник информации для Вас это документация к программам. В данном случае это сайт "PymolWiki":http://www.pymolwiki.org .





    4
    1
    Andrey Golovin
    





    5
    1
    Andrey Golovin
    





    6
    1
    Andrey Golovin
    





    7
    1
    Andrey Golovin
    





    8
    1
    Andrey Golovin
    





    9
    1
    Andrey Golovin
    
"Подсказки к заданию":https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/Modelling/Shad2012/Task2/Help2 . Поработайте в PyMOL с записью 1LMP банка PDB. Суть задания состоит в поэтапном освоении возможностей PyMol как пакета для моделирования.





    10
    1
    Andrey Golovin
    





    11
    1
    Andrey Golovin
    
h2. Основное задание





    12
    1
    Andrey Golovin
    





    13
    1
    Andrey Golovin
    
# Оцените возможности Sculpting, в *Wizard->Demo->Sculpting*





    14
    1
    Andrey Golovin
    
# Используюя select within найдите водородные связи которыми белок связывает лиганд. Опишите эти возможные другие взаимодействия белка с лигандом. Попробуйте поискать альтернативный способ поиска водородных  связей.





    15
    1
    Andrey Golovin
    
# Средствами Tcl/Tk интерфейса *Wizard->Mutagenesis* проведите мутацию в белке, которая по вашему мнению должна привести к потере связывания с лигандом.





    16
    1
    Andrey Golovin
    
# Используя команды *mset, mview, super, translate* создайте анимационный ролик *mpeg* где происходит совмещение белков и показывается место мутации. Обратите внимание на указания в *object motions* на http://www.pymolwiki.org pymolwiki.





    17
    1
    Andrey Golovin
    
# Приседените флуорусцентную "метку":http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=2762604&loc=ec_rcs   TAMRA к белку через сложноэфирную связь. Используйте команды *fuse* и *torsion*.





    18
    1
    Andrey Golovin
    
# Напишите скрипт для построения поли-аланиновой ( Вы вольны использовать любую аминоксилоту) альфа спирали длинной 100 аминкислот. Псевдо-код вы можете найти в подсказках.





    19
    1
    Andrey Golovin
    





    20
    1
    Andrey Golovin
    
h2. Дополнительное задание.





    21
    1
    Andrey Golovin
    





    22
    1
    Andrey Golovin
    
#  Напишите скрипт для построения G-квадруплексной ДНК (pdbid: 2mb2) длинной 100 пар нуклеотидов. Здесь есть проблемы, так заготовок для нуклеиновых кислот нет. Суть подхода состоит в определении матрицы превращения при совмещении одной пары нуклеотидов с последующей. После чего выможете размножать эту пару и применять к ней матрицу превращения. Примерный код и ссылки Вы сможете найти в "подсказках":https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/Modelling/Shad2012/Task2/Help2 . 





    23
    1
    Andrey Golovin
    
#  Совсем не обязательное, но бонусное задание это сделать красивый рендер на основе "этого урока":https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/Modelling/Blender этого урока.





    24
    1
    Andrey Golovin
    





    25
    1
    Andrey Golovin
    





    26
    1
    Andrey Golovin
    





    27
    1
    Andrey Golovin
    
h3. Работа и отчетность в jupiter notebook





    28
    1
    Andrey Golovin
    





    29
    1
    Andrey Golovin
    
Пример в виде HTML можно посмотреть "тут":http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/ipynb/intro.html .





    30
    1
    Andrey Golovin
    





    31
    1
    Andrey Golovin
    
Скачать этот пример для использования у себя можно "здесь":http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/ipynb/intro.ipynb .





    32
    1
    Andrey Golovin
    





    33
    1
    Andrey Golovin
    





    34
    1
    Andrey Golovin
    
h3. Работа  jupiter notebook и pymol на сервере без монитора 





    35
    1
    Andrey Golovin
    





    36
    1
    Andrey Golovin
    
Пример в виде HTML можно "посмотреть тут":http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/ipynb/ipymol-kodomo.html .





    37
    1
    Andrey Golovin
    





    38
    1
    Andrey Golovin
    
Скачать этот пример для использования у себя можно "здесь":http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/ipynb/ipymol-kodomo.ipynb .