Молекулярное моделирование НТУ Сириус¶

Андрей Головин, д.х.н., профессор факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail: golovin@fbb.msu.ru

• Молекулярное моделирование НТУ Сириус
  • Форма для сдачи самостоятельных работ.
  • Результаты работ.
  • Программа курса «Структурная биоинформатика».
  • Презентации к лекциям
  • Домашние задания
  • Как выставляется итоговая оценка по курсу.
  • Вопросы к экзамену
  • Рекомендованная литература

Форма для сдачи самостоятельных работ.¶

https://forms.gle/5vZ7v2t9NSFBx5mn9

Результаты работ.¶

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1HmUExwwyBEwU6sMdeq9DZSKJDODxnJMrJ3c1uyPN4r4/edit?usp=sharing

Программа курса «Структурная биоинформатика».¶

1. PyMol, инструмент визуализации структур.
2. Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика
3. Предсказание и определение вторичной структуры белка.
4. Молекулярная механика. Силовые поля.
5. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
6. Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
7. Молекулярная динамика.
8. Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
9. Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
10. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии. Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
11. Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

Презентации к лекциям¶

Новые варианты лекций:

---

Лекция 1. Моделирование. PyMol как среда визуализации и редактирования 3D структур. https://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/1411/download/1565
Лекция 2. Квантовая химия. https://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/1410/download/1564
Лекция 3. Молекулярная механика. Силовые поля. https://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/1412/download/1566
Лекция 4. Оптимизация геометрии. Молекулярная динамика. https://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/1413/download/1567
Лекция 5. Модификации молекулярной динамики. https://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/1414/download/1568
Лекция 6. Расчёты свободной энергии https://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/1415/download/1569
Лекция 7. Поиск новых биоактивных молекул и докинг https://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/1416/download/1570

Домашние задания¶

• Занятие 1
• Занятие 2
• Занятие 3
• Занятие 4
• Занятие 5-6
• Занятие 7

Как выставляется итоговая оценка по курсу.¶

Для зачета достаточно сдать все практикумы на тройку. Обязательно все.

Вопросы к экзамену¶

Вопросы к экзамену

Рекомендованная литература¶

Книги на books.google.com:

• Molecular Modelling. Priciples and Applications (Leach R. Andrew)
• Modelling Molecular Structures (Hinchlffe Alan)
• New algorithms for macromolecular simulation (B. Leimkuhler, Christophe Chipot, Ron Elber)
• Computer simulation of biomolecular systems: theoretical and experimental application ( Wilfred F. van Gunsteren, Paul K. Weiner )