Работа с Pymol¶
Это занятие и последующие содержат задачи и только некторые подсказки. Основной источник информации для Вас это документация к программам. В данном случае это сайт PymolWiki .
Подсказки к заданию . Поработайте в PyMOL с записью 1LMP банка PDB. Суть задания состоит в поэтапном освоении возможностей PyMol как пакета для моделирования.
Основное задание¶
- Оцените возможности Sculpting, в Wizard->Demo->Sculpting
- Используюя select within найдите водородные связи которыми белок связывает лиганд. Опишите эти возможные другие взаимодействия белка с лигандом. Попробуйте поискать альтернативный способ поиска водородных связей.
- Средствами Tcl/Tk интерфейса Wizard->Mutagenesis проведите мутацию в белке, которая по вашему мнению должна привести к потере связывания с лигандом.
- Используя команды mset, mview, super, translate создайте анимационный ролик mpeg где происходит совмещение белков и показывается место мутации. Обратите внимание на указания в object motions на http://www.pymolwiki.org pymolwiki.
- Приседените флуорусцентную метку TAMRA к белку через сложноэфирную связь. Используйте команды fuse и torsion.
- Напишите скрипт для построения поли-аланиновой ( Вы вольны использовать любую аминоксилоту) альфа спирали длинной 100 аминкислот. Псевдо-код вы можете найти в подсказках.
Дополнительное задание.¶
- Напишите скрипт для построения G-квадруплексной ДНК (pdbid: 2mb2) длинной 100 пар нуклеотидов. Здесь есть проблемы, так заготовок для нуклеиновых кислот нет. Суть подхода состоит в определении матрицы превращения при совмещении одной пары нуклеотидов с последующей. После чего выможете размножать эту пару и применять к ней матрицу превращения. Примерный код и ссылки Вы сможете найти в подсказках .
- Совсем не обязательное, но бонусное задание это сделать красивый рендер на основе этого урока этого урока.
Работа и отчетность в jupiter notebook¶
Пример в виде HTML можно посмотреть тут .
Скачать этот пример для использования у себя можно здесь .
Работа jupiter notebook и pymol на сервере без монитора¶
Пример в виде HTML можно посмотреть тут .
Скачать этот пример для использования у себя можно здесь .