DnaMelAnalysis
Version 1 (Andrey Golovin, 11.10.2022 09:14)
| 1 | 1 | Andrey Golovin | h1. Анализ результатов моделирование ДНК формамиде. |
|---|---|---|---|
| 2 | 1 | Andrey Golovin | |
| 3 | 1 | Andrey Golovin | Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out... , точки замените на номер задачи. |
| 4 | 1 | Andrey Golovin | |
| 5 | 1 | Andrey Golovin | Исправим влияние pbc на двух цепочечную молекулу: |
| 6 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 7 | 1 | Andrey Golovin | mv dna_md.xtc dna_md_or.xtc |
| 8 | 1 | Andrey Golovin | gmx trjconv -f dna_md_or.xtc -s dna_md -o dna_md.xtc -pbc whole |
| 9 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 10 | 1 | Andrey Golovin | |
| 11 | 1 | Andrey Golovin | |
| 12 | 1 | Andrey Golovin | * Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DNA. |
| 13 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 14 | 1 | Andrey Golovin | gmx trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol |
| 15 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 16 | 1 | Andrey Golovin | |
| 17 | 1 | Andrey Golovin | Откройте ваш dna_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте: |
| 18 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 19 | 1 | Andrey Golovin | gmx trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans |
| 20 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 21 | 1 | Andrey Golovin | |
| 22 | 1 | Andrey Golovin | Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметить в какой момент происходит явные изменения в структуре ДНК. Для определения соответствия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упоминание о времени в моделировании. |
| 23 | 1 | Andrey Golovin | |
| 24 | 1 | Andrey Golovin | * Определите средне-квадратичное отклонение в ходе моделирования. Так как у нас происходит конформационный переход сначала рассчитаем отклонение в ходе все симуляции относительно стартовой структуры. |
| 25 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 26 | 1 | Andrey Golovin | gmx rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_1 |
| 27 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 28 | 1 | Andrey Golovin | |
| 29 | 1 | Andrey Golovin | И относительно каждой предыдущей структуры на расстоянии 400 кадров. Если ближе к концу закончился конформационный переход, то отклонение должно уменьшаться. |
| 30 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 31 | 1 | Andrey Golovin | gmx rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_2 -prev 400 |
| 32 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 33 | 1 | Andrey Golovin | |
| 34 | 1 | Andrey Golovin | * Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе конформационного перехода. |
| 35 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 36 | 1 | Andrey Golovin | gmx sas -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o sas_dna.xvg |
| 37 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 38 | 1 | Andrey Golovin | |
| 39 | 1 | Andrey Golovin | * Постройте зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода. |
| 40 | 1 | Andrey Golovin | * Традиционным анализом для ДНК является расчёт количества образуемых водородных связей. Если мы будем исследовать связи между ДНК и ДНК, то это будут водородные связи между цепями ДНК. Для конца траектории: |
| 41 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 42 | 1 | Andrey Golovin | gmx hbond -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna -b X |
| 43 | 1 | Andrey Golovin | где X это величина в пикосекундах для начала анализа. |
| 44 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 45 | 1 | Andrey Golovin | Постройте зависимости и добавьте к отчёту. Сделайте вывод об количестве водородных связей в этом дуплексе, соответствует ли это каноническим представлениям? Как влияет конформационный переход на количество водородных связей? Cделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода. |
| 46 | 1 | Andrey Golovin | |
| 47 | 1 | Andrey Golovin | h3. Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчёте и должны сопровождаться обсуждением и выводами |