Анализ результатов моделирование ДНК формамиде.¶
Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out... , точки замените на номер задачи.
Исправим влияние pbc на двух цепочечную молекулу:
mv dna_md.xtc dna_md_or.xtc gmx trjconv -f dna_md_or.xtc -s dna_md -o dna_md.xtc -pbc whole
- Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DNA.
gmx trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc molОткройте ваш dna_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:
gmx trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+transЗанесите ваши наблюдения в журнал. Отметить в какой момент происходит явные изменения в структуре ДНК. Для определения соответствия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упоминание о времени в моделировании.
- Определите средне-квадратичное отклонение в ходе моделирования. Так как у нас происходит конформационный переход сначала рассчитаем отклонение в ходе все симуляции относительно стартовой структуры.
gmx rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_1И относительно каждой предыдущей структуры на расстоянии 400 кадров. Если ближе к концу закончился конформационный переход, то отклонение должно уменьшаться.
gmx rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_2 -prev 400
- Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе конформационного перехода.
gmx sas -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o sas_dna.xvg
- Постройте зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода.
- Традиционным анализом для ДНК является расчёт количества образуемых водородных связей. Если мы будем исследовать связи между ДНК и ДНК, то это будут водородные связи между цепями ДНК. Для конца траектории:
gmx hbond -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna -b X где X это величина в пикосекундах для начала анализа.
Постройте зависимости и добавьте к отчёту. Сделайте вывод об количестве водородных связей в этом дуплексе, соответствует ли это каноническим представлениям? Как влияет конформационный переход на количество водородных связей? Cделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода.