Tests
Version 2 (Andrey Golovin, 27.12.2018 16:57) → Version 3/4 (Andrey Golovin, 21.11.2022 18:39)
h1. Вопросы к экзамену
# Волновая функция, причина использования, комплексность,физический смысл. Операторы и ожидаемые значения.
функция
# Точное решение уравнения Шредингера Одно-электронный атом. Способ решения, сферические гармоники. атом
# Базисные наборы квантовой химии. Гауссианы и примеры использования.
# Молекулярная механика Простое уравнение силового поля. Потенциалы ковалентных и нековалентных взаимодействий, источники значений параметров.
поля
# Крупнозернистое описание белков, недостатки и преимущества, Martini
# Электростатические взаимодействия. Двойное обрезание, суммирование Эвальда, PME, особенности применения
обрезание Суммирование Эвальда
# Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия, взаимодействия Взаимодействия между разными типами атомов, источники параметров, flat-bottom потенциалы атомов
# Молекулярная динамика, динамика Алгоритмы интегратора, особенности выбора шага, LINCS интегратора
# Периодические граничные условия, формы ячейки, влияние отступа на динамику белка.
условия
# Температура, Температура Контроль давления в системе, принципы скалирования и стохастика.
системе
# Гибридное QM/ММ моделирование. Разделение систем. Встраивание электростатики. Атомы заглушки.
моделирование
# Коллективные перемеренные, выбор. Признаки оптимальных переменных. Использование значений CV для влияния на эволюцию системы.
перемеренные
# Метадинамика. Формулировка и основной принцип.
Метадинамика
# Моделирование отжига. Цель применения и основные ограничения отжига
# Сравнительное моделирование. Шаги построения структуры, источники ошибок, AlphaFold 2 моделирование
# Степень идентичности и сравнительное моделирование
# Предсказание структуры белка Ab initio, REMD, Rosetta AbinitioFold initio
# Термодинамическая пертурбация. Алхимия. Формулировка и требования к выбору констант, сходимость.
пертурбация
# Потенциал средней силы. Описание метода, формулировка, сходимость.
силы
# Линейное представление молекул, SMILES, свободное описание любой молекулы. SMILES
# SMARTS: паттерны для SMILES. Примеры.
SMILES
# Фрагментарное построение лиганда
# QSAR, количественные соотношения структура/ активность
# Докинг белок-низкомолеклярный лиганд, основной алгоритм, размер ячейки, конформационная подвижность лиганда.
лиганд
# Белок-Белковый докинг. Основной принцип, zdock, комплементарность поверхности.
Белковый докинг
# Элементы вторичной структуры РНК
# Моделирование хроматина
# Волновая функция, причина использования, комплексность,физический смысл. Операторы и ожидаемые значения.
функция
# Точное решение уравнения Шредингера Одно-электронный атом. Способ решения, сферические гармоники. атом
# Базисные наборы квантовой химии. Гауссианы и примеры использования.
# Молекулярная механика Простое уравнение силового поля. Потенциалы ковалентных и нековалентных взаимодействий, источники значений параметров.
поля
# Крупнозернистое описание белков, недостатки и преимущества, Martini
# Электростатические взаимодействия. Двойное обрезание, суммирование Эвальда, PME, особенности применения
обрезание Суммирование Эвальда
# Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия, взаимодействия Взаимодействия между разными типами атомов, источники параметров, flat-bottom потенциалы атомов
# Молекулярная динамика, динамика Алгоритмы интегратора, особенности выбора шага, LINCS интегратора
# Периодические граничные условия, формы ячейки, влияние отступа на динамику белка.
условия
# Температура, Температура Контроль давления в системе, принципы скалирования и стохастика.
системе
# Гибридное QM/ММ моделирование. Разделение систем. Встраивание электростатики. Атомы заглушки.
моделирование
# Коллективные перемеренные, выбор. Признаки оптимальных переменных. Использование значений CV для влияния на эволюцию системы.
перемеренные
# Метадинамика. Формулировка и основной принцип.
Метадинамика
# Моделирование отжига. Цель применения и основные ограничения отжига
# Сравнительное моделирование. Шаги построения структуры, источники ошибок, AlphaFold 2 моделирование
# Степень идентичности и сравнительное моделирование
# Предсказание структуры белка Ab initio, REMD, Rosetta AbinitioFold initio
# Термодинамическая пертурбация. Алхимия. Формулировка и требования к выбору констант, сходимость.
пертурбация
# Потенциал средней силы. Описание метода, формулировка, сходимость.
силы
# Линейное представление молекул, SMILES, свободное описание любой молекулы. SMILES
# SMARTS: паттерны для SMILES. Примеры.
SMILES
# Фрагментарное построение лиганда
# QSAR, количественные соотношения структура/ активность
# Докинг белок-низкомолеклярный лиганд, основной алгоритм, размер ячейки, конформационная подвижность лиганда.
лиганд
# Белок-Белковый докинг. Основной принцип, zdock, комплементарность поверхности.
Белковый докинг
# Элементы вторичной структуры РНК
# Моделирование хроматина