Tests
Version 3 (Andrey Golovin, 21.11.2022 18:39)
| 1 | 1 | Andrey Golovin | h1. Вопросы к экзамену |
|---|---|---|---|
| 2 | 1 | Andrey Golovin | |
| 3 | 1 | Andrey Golovin | |
| 4 | 3 | Andrey Golovin | # Волновая функция, причина использования, комплексность,физический смысл. Операторы и ожидаемые значения. |
| 5 | 3 | Andrey Golovin | # Точное решение уравнения Шредингера Одно-электронный атом. Способ решения, сферические гармоники. |
| 6 | 3 | Andrey Golovin | # Базисные наборы квантовой химии. Гауссианы и примеры использования. |
| 7 | 3 | Andrey Golovin | # Молекулярная механика Простое уравнение силового поля. Потенциалы ковалентных и нековалентных взаимодействий, источники значений параметров. |
| 8 | 3 | Andrey Golovin | # Крупнозернистое описание белков, недостатки и преимущества, Martini |
| 9 | 3 | Andrey Golovin | # Электростатические взаимодействия. Двойное обрезание, суммирование Эвальда, PME, особенности применения |
| 10 | 3 | Andrey Golovin | # Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия, взаимодействия между разными типами атомов, источники параметров, flat-bottom потенциалы |
| 11 | 3 | Andrey Golovin | # Молекулярная динамика, Алгоритмы интегратора, особенности выбора шага, LINCS |
| 12 | 3 | Andrey Golovin | # Периодические граничные условия, формы ячейки, влияние отступа на динамику белка. |
| 13 | 3 | Andrey Golovin | # Температура, Контроль давления в системе, принципы скалирования и стохастика. |
| 14 | 3 | Andrey Golovin | # Гибридное QM/ММ моделирование. Разделение систем. Встраивание электростатики. Атомы заглушки. |
| 15 | 3 | Andrey Golovin | # Коллективные перемеренные, выбор. Признаки оптимальных переменных. Использование значений CV для влияния на эволюцию системы. |
| 16 | 3 | Andrey Golovin | # Метадинамика. Формулировка и основной принцип. |
| 17 | 3 | Andrey Golovin | # Моделирование отжига. Цель применения и основные ограничения |
| 18 | 3 | Andrey Golovin | # Сравнительное моделирование. Шаги построения структуры, источники ошибок, AlphaFold 2 |
| 19 | 3 | Andrey Golovin | # Предсказание структуры белка Ab initio, REMD, Rosetta AbinitioFold |
| 20 | 3 | Andrey Golovin | # Термодинамическая пертурбация. Алхимия. Формулировка и требования к выбору констант, сходимость. |
| 21 | 3 | Andrey Golovin | # Потенциал средней силы. Описание метода, формулировка, сходимость. |
| 22 | 3 | Andrey Golovin | # Линейное представление молекул, SMILES, свободное описание любой молекулы. |
| 23 | 3 | Andrey Golovin | # SMARTS: паттерны для SMILES. Примеры. |
| 24 | 3 | Andrey Golovin | # Докинг белок-низкомолеклярный лиганд, основной алгоритм, размер ячейки, конформационная подвижность лиганда. |
| 25 | 3 | Andrey Golovin | # Белок-Белковый докинг. Основной принцип, zdock, комплементарность поверхности. |