Метадинамика¶
Создайте рабочую директорию.
- Координаты белка возьмите из записи PDB:1L2Y .
- файл настроек для минимизации энергии em.mdp
- файл настроек для "утряски" воды pr.mdp
- файл настроек для молекулярной динамики md.mdp
- Теперь построим файл топологии системы в силовом поле amber99sb и файл с координатами в формате Gromacs.
1gmx pdb2gmx -f p.pdb -o p -p -ff amber99sb -water tip3p
- Делаем небольшой отступ в ячейке от белка.
1gmx editconf -f p.gro -o p_ec -d 1.5
- Проведём оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты в молекуле.
1gmx grompp -f em -c p_ec -p -o p_em -maxwarn 1 2gmx mdrun -deffnm dna_p -v
*Отметье в отчёте изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. Знаесите начальное и конечное значение максимальной силы.
- Добавим в ячейку молекулы воды
1gmx genbox -cp p_em -p -cs -o p_s
- Нейтрализуем заряд системы. Это делаем в два шага: строим tpr и запускаем genion. В выводе grompp обратите внимание на информацию о заряде системы.
1gmx grompp -f em -p -c p_s -o p_s 2gmx genion -s p_s -o p_si -p -neutral -conc 0.15
- Проведём "утряску" воды:
1gmx grompp -f pr -c p_si -p -o p_pr -maxwarn 1 2gmx mdrun -deffnm p_pr -v
- Cравните визуально изменения в системах p_pr.gro и p_si.gro . Занесите наблюдения в отчёт.
- Запускаем тестовое моделирование молекулярной динамики.
1gmx grompp -f md -c p_pr -p -o p_md -maxwarn 1 2gmx mdrun -deffnm p_md -v -nsteps 1000000 -ntomp 4
Просмотреть ход счёта можно в файле p_md.log
Метадинамика¶
- Попробуем странную штуку https://github.com/spiwokv/af2cv/tree/main
- Надо сделать две системы исходный белок и ваш дизайн, данные для стабилизированного белка я посчитаю сам
- Вероятно, что при утряске воды система будет взрываться, надо в em.mdp поменять integrator на steep. И потом:
1gmx grompp -f em -c p_si -p -o p_em2 -maxwarn 1
2gmx mdrun -deffnm p_em2 -v
3gmx grompp -f pr -c p_em2 -p -o p_pr -maxwarn 1
4gmx mdrun -deffnm p_pr -v
- Скопируйте себе библиотеку для этой CV и файл plumed.dat
- В начале файла надо внести изменения в путь к библиотеке с CV
- Для дизайна надо догадаться как поменять номера атомов в двух местах: WHOLEMOLECULES и ATOMS=
- Запускаем
1gmx mdrun -deffnm p_md -ntomp 4 -v -plumed plumed.dat