History

Метадинамика¶

Создайте рабочую директорию.

Координаты белка возьмите из записи PDB:1L2Y .
файл настроек для минимизации энергии em.mdp
файл настроек для "утряски" воды pr.mdp
файл настроек для молекулярной динамики md.mdp

Теперь построим файл топологии системы в силовом поле amber99sb и файл с координатами в формате Gromacs.
```
1gmx pdb2gmx -f p.pdb -o p -p  -ff amber99sb -water tip3p
```

Делаем небольшой отступ в ячейке от белка.
```
1gmx editconf -f p.gro -o p_ec -d 1.5
```
Проведём оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты в молекуле.
```
1gmx grompp -f em -c p_ec -p  -o p_em -maxwarn 1
2gmx mdrun -deffnm dna_p -v
```
*Отметье в отчёте изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. Знаесите начальное и конечное значение максимальной силы.

Добавим в ячейку молекулы воды
```
1gmx genbox -cp p_em -p  -cs  -o p_s
```
Нейтрализуем заряд системы. Это делаем в два шага: строим tpr и запускаем genion. В выводе grompp обратите внимание на информацию о заряде системы.
```
1gmx grompp -f em -p  -c p_s -o p_s
2gmx genion -s p_s -o p_si -p  -neutral -conc 0.15
```

Проведём "утряску" воды:

1gmx grompp -f pr -c p_si -p  -o p_pr -maxwarn 1
2gmx mdrun -deffnm p_pr -v

Cравните визуально изменения в системах p_pr.gro и p_si.gro . Занесите наблюдения в отчёт.
Запускаем тестовое моделирование молекулярной динамики.
```
1gmx grompp -f md -c p_pr -p  -o p_md -maxwarn 1
2gmx mdrun  -deffnm p_md -v -nsteps 1000000 -ntomp 4
```
Просмотреть ход счёта можно в файле p_md.log

Метадинамика¶

Попробуем странную штуку https://github.com/spiwokv/af2cv/tree/main
Pickle для белка можно сделать в ColabFold с выбором AlphaFold2_mmseqs2 и обязательно поставить галочку Save All. Pickle будет в архиве.
Вероятно, что при утряске воды система будет взрываться, надо в em.mdp поменять integrator на steep. И потом:

1gmx grompp -f em -c p_si -p  -o p_em2 -maxwarn 1
2gmx mdrun -deffnm p_em2 -v
3gmx grompp -f pr -c p_em2 -p  -o p_pr -maxwarn 1
4gmx mdrun -deffnm p_pr -v

Скопируйте себе библиотеку для этой CV и файл plumed.dat

В начале файла надо внести изменения в путь к библиотеке с CV
Для дизайна надо догадаться как поменять номера атомов в двух местах: WHOLEMOLECULES и ATOMS=
Запускаем

1gmx  mdrun -deffnm p_md -ntomp 4 -v  -plumed plumed.dat