Strbio
Version 8 (Andrey Golovin, 05.11.2014 14:41)
1 | 8 | Andrey Golovin | h1. Структурная Биоинформатика (интерактивный вариант курса) |
---|---|---|---|
2 | 1 | Andrey Golovin | |
3 | 5 | Andrey Golovin | * Цель дисциплины – Сформировать уровень компетенции студентов, достаточный для использования наиболее распространённых подходов структурной биоинформатики для решения стандартных задач молекулярной биологии. |
4 | 1 | Andrey Golovin | |
5 | 1 | Andrey Golovin | |
6 | 5 | Andrey Golovin | * Задача дисциплины: – Ознакомить слушателей с основными подходами и научить слушателей приемам структурной биоинформатики. Ключевым моментом практических занятий является использование открытого программного обеспечения. |
7 | 5 | Andrey Golovin | |
8 | 1 | Andrey Golovin | *Преподаватель*: |
9 | 1 | Andrey Golovin | |
10 | 1 | Andrey Golovin | Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ |
11 | 1 | Andrey Golovin | |
12 | 1 | Andrey Golovin | E-mail: golovin@genebee.msu.ru |
13 | 1 | Andrey Golovin | |
14 | 1 | Andrey Golovin | |
15 | 5 | Andrey Golovin | h2. Содержание страницы курса. |
16 | 5 | Andrey Golovin | |
17 | 5 | Andrey Golovin | {{toc}} |
18 | 5 | Andrey Golovin | |
19 | 5 | Andrey Golovin | |
20 | 5 | Andrey Golovin | |
21 | 4 | Andrey Golovin | h2. Форум для обсуждения вопросов по практическим заданиям |
22 | 4 | Andrey Golovin | |
23 | 4 | Andrey Golovin | http://vsb.fbb.msu.ru/projects/edu/boards/1 |
24 | 4 | Andrey Golovin | |
25 | 1 | Andrey Golovin | h2. Результаты самостоятельной работы. |
26 | 1 | Andrey Golovin | |
27 | 1 | Andrey Golovin | Результаты выполнения домашних заданий отмечаются в общедоступном файле google таблиц: |
28 | 1 | Andrey Golovin | https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdFN3Y2loOWlyTlRLdThibllrbEZmdVE#gid=1 |
29 | 1 | Andrey Golovin | |
30 | 1 | Andrey Golovin | h2. Вопросы к зачёту |
31 | 1 | Andrey Golovin | |
32 | 1 | Andrey Golovin | [[Qest|Вопросы к устному зачёту через google talks]] |
33 | 1 | Andrey Golovin | |
34 | 1 | Andrey Golovin | Время зачёта согласуется по почте. |
35 | 1 | Andrey Golovin | |
36 | 1 | Andrey Golovin | |
37 | 1 | Andrey Golovin | h2. Программа курса «Структурная биоинформатика». |
38 | 1 | Andrey Golovin | |
39 | 1 | Andrey Golovin | # Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB |
40 | 1 | Andrey Golovin | # PyMol, инструмент визуализации структур. |
41 | 1 | Andrey Golovin | # Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go) |
42 | 1 | Andrey Golovin | # Предсказание и определение вторичной структуры белка. |
43 | 1 | Andrey Golovin | # Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки. |
44 | 1 | Andrey Golovin | # Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit |
45 | 1 | Andrey Golovin | # Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking. |
46 | 1 | Andrey Golovin | # Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP |
47 | 1 | Andrey Golovin | # Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии |
48 | 1 | Andrey Golovin | # Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул. |
49 | 1 | Andrey Golovin | |
50 | 1 | Andrey Golovin | |
51 | 1 | Andrey Golovin | h2. Видеозапись и презентации к лекциям |
52 | 1 | Andrey Golovin | |
53 | 2 | Andrey Golovin | *Лекция 1.* Строение белков. Структура и организация. |
54 | 1 | Andrey Golovin | |
55 | 6 | Andrey Golovin | {{dmsf(217, Файл презентации)}} / [[Shad/Task1| Практическое занятие №1]] |
56 | 1 | Andrey Golovin | |
57 | 2 | Andrey Golovin | *Лекция 2.* PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур. |
58 | 1 | Andrey Golovin | |
59 | 2 | Andrey Golovin | {{video(https://www.youtube.com/watch?v=NwFOzVjxeIQ)}} |
60 | 1 | Andrey Golovin | |
61 | 6 | Andrey Golovin | {{dmsf(218, Файл презентации)}} / [[Shad/Task2| Практическое занятие №2]] |
62 | 1 | Andrey Golovin | |
63 | 1 | Andrey Golovin | |
64 | 2 | Andrey Golovin | *Лекция 3.* Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go) |
65 | 1 | Andrey Golovin | |
66 | 2 | Andrey Golovin | {{video(https://www.youtube.com/watch?v=wYPiPfFy1n4)}} |
67 | 1 | Andrey Golovin | |
68 | 6 | Andrey Golovin | {{dmsf(249, Файл презентации)}} / [[Shad/Task3| Практическое занятие №3]] |
69 | 1 | Andrey Golovin | |
70 | 1 | Andrey Golovin | |
71 | 2 | Andrey Golovin | *Лекция 4.* Предсказание вторичной структуры белка. |
72 | 1 | Andrey Golovin | |
73 | 2 | Andrey Golovin | {{video(https://www.youtube.com/watch?v=STThFtFUPBA)}} |
74 | 1 | Andrey Golovin | |
75 | 6 | Andrey Golovin | {{dmsf(13, Файл презентации)}} / [[Shad/Task4| Практическое занятие №4]] |
76 | 1 | Andrey Golovin | |
77 | 2 | Andrey Golovin | |
78 | 2 | Andrey Golovin | *Лекция 5.* Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. |
79 | 2 | Andrey Golovin | |
80 | 2 | Andrey Golovin | {{video(https://www.youtube.com/watch?v=5G1vTDGG0lQ)}} |
81 | 2 | Andrey Golovin | |
82 | 6 | Andrey Golovin | {{dmsf(14, Файл презентации)}} / [[Shad/Task5| Практическое занятие №5]] |
83 | 2 | Andrey Golovin | |
84 | 2 | Andrey Golovin | |
85 | 2 | Andrey Golovin | *Лекция 6.* Молекулярная динамика. Моделирование самосборки белка. |
86 | 2 | Andrey Golovin | |
87 | 2 | Andrey Golovin | {{video(https://www.youtube.com/watch?v=Otfoz0fo4GM)}} |
88 | 2 | Andrey Golovin | |
89 | 6 | Andrey Golovin | {{dmsf(18, Файл презентации)}} / [[Shad/Task6| Практическое занятие №6]] |
90 | 2 | Andrey Golovin | |
91 | 2 | Andrey Golovin | |
92 | 2 | Andrey Golovin | *Лекция 7.* Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. |
93 | 2 | Andrey Golovin | |
94 | 2 | Andrey Golovin | {{video(https://www.youtube.com/watch?v=unEMlugZ8pY)}} |
95 | 2 | Andrey Golovin | |
96 | 6 | Andrey Golovin | {{dmsf(16, Файл презентации)}} / [[Shad/Task7| Практическое занятие №7]] |
97 | 2 | Andrey Golovin | |
98 | 2 | Andrey Golovin | |
99 | 2 | Andrey Golovin | *Лекция 8.* Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP. |
100 | 2 | Andrey Golovin | |
101 | 2 | Andrey Golovin | {{video(https://www.youtube.com/watch?v=xHnalWWvLUk)}} |
102 | 2 | Andrey Golovin | |
103 | 6 | Andrey Golovin | {{dmsf(17, Файл презентации)}} / [[Shad/Task8| Практическое занятие №8]] |
104 | 2 | Andrey Golovin | |
105 | 2 | Andrey Golovin | |
106 | 2 | Andrey Golovin | |
107 | 2 | Andrey Golovin | *Лекция 9.* Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии. |
108 | 2 | Andrey Golovin | |
109 | 2 | Andrey Golovin | {{video(https://www.youtube.com/watch?v=zoYtgnworBY)}} |
110 | 2 | Andrey Golovin | |
111 | 6 | Andrey Golovin | {{dmsf(19, Файл презентации)}} / [[Shad/Task9| Практическое занятие №9]] |
112 | 2 | Andrey Golovin | |
113 | 2 | Andrey Golovin | |
114 | 2 | Andrey Golovin | |
115 | 2 | Andrey Golovin | *Лекция 10.* Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул. |
116 | 2 | Andrey Golovin | |
117 | 1 | Andrey Golovin | |
118 | 2 | Andrey Golovin | {{video(https://www.youtube.com/watch?v=snFp2HZbApc)}} |
119 | 2 | Andrey Golovin | |
120 | 6 | Andrey Golovin | {{dmsf(22, Файл презентации)}}/ {{dmsf(23, Статья про ZDOCK)}} / [[Shad/Task12| Практическое занятие №10]] |
121 | 2 | Andrey Golovin | |
122 | 2 | Andrey Golovin | |
123 | 1 | Andrey Golovin | |
124 | 1 | Andrey Golovin | |
125 | 1 | Andrey Golovin | h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу. |
126 | 1 | Andrey Golovin | |
127 | 1 | Andrey Golovin | Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все. |
128 | 1 | Andrey Golovin | |
129 | 1 | Andrey Golovin | h2. Рекомендованная литература |
130 | 5 | Andrey Golovin | |
131 | 5 | Andrey Golovin | * Bourne, P.E., and Gu, J. (2009) Structural Bioinformatics (2nd edition), John Wiley & Sons, New York, ISBN 978-0-470-18105-8 |
132 | 5 | Andrey Golovin | * Bourne, P.E., and Weissig, H. (2003) Structural Bioinformatics, Wiley ISBN 0-471-20199-5 |
133 | 5 | Andrey Golovin | * Leach, Andrew (2001) Molecular Modelling: Principles and Applications (2nd edition), Prentice Hall, ISBN 978-0-582-38210-7 |