Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Структурная Биоинформатика (интеактивный вариант курса)

*  Цель дисциплины – Сформировать уровень компетенции студентов, достаточный для использования наиболее распространённых  подходов структурной биоинформатики для решения стандартных задач молекулярной биологии. 

* Задача дисциплины: – Ознакомить слушателей с основными подходами и научить слушателей приемам структурной биоинформатики. Ключевым моментом практических занятий является использование открытого программного обеспечения.

*Преподаватель*:

Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail: golovin@genebee.msu.ru

h2. Содержание страницы курса.

{{toc}}

h2. Форум для обсуждения вопросов по практическим заданиям

http://vsb.fbb.msu.ru/projects/edu/boards/1

h2. Результаты самостоятельной работы.

Результаты  выполнения домашних заданий отмечаются в общедоступном файле google таблиц:

https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdFN3Y2loOWlyTlRLdThibllrbEZmdVE#gid=1

h2. Вопросы к зачёту

[[Qest|Вопросы к устному зачёту через google talks]]

Время зачёта согласуется по почте.

h2. Программа курса «Структурная биоинформатика».

# Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB

# PyMol, инструмент визуализации структур.

# Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)

# Предсказание и определение вторичной структуры белка.

# Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.

# Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit

# Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.

# Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP

# Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии

# Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

h2. Видеозапись и презентации к лекциям

*Лекция 1.*  Строение белков. Структура и организация.    

 {{dmsf(217, Файл презентации)}} / [[Shad/Task1| Практическое занятие №1]]   

*Лекция 2.* PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур.

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=NwFOzVjxeIQ)}} 

{{dmsf(218, Файл презентации)}} / [[Shad/Task2| Практическое занятие №2]]    

*Лекция 3.*  Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go) 

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=wYPiPfFy1n4)}} 

{{dmsf(249, Файл презентации)}} / [[Shad/Task3| Практическое занятие №3]]    

*Лекция 4.* Предсказание вторичной структуры белка.

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=STThFtFUPBA)}} 

{{dmsf(13, Файл презентации)}} / [[Shad/Task4| Практическое занятие №4]]    

*Лекция 5.* Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. 

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=5G1vTDGG0lQ)}} 

{{dmsf(14, Файл презентации)}} / [[Shad/Task5| Практическое занятие №5]]    

*Лекция 6.* Молекулярная динамика. Моделирование самосборки белка.

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=Otfoz0fo4GM)}} 

{{dmsf(18, Файл презентации)}} / [[Shad/Task6| Практическое занятие №6]]    

*Лекция 7.* Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. 

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=unEMlugZ8pY)}} 

{{dmsf(16, Файл презентации)}} / [[Shad/Task7| Практическое занятие №7]]    

*Лекция 8.* Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP.

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=xHnalWWvLUk)}} 

{{dmsf(17, Файл презентации)}} /  [[Shad/Task8| Практическое занятие №8]]    

*Лекция 9.* Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=zoYtgnworBY)}} 

{{dmsf(19, Файл презентации)}} / [[Shad/Task9| Практическое занятие №9]]    

*Лекция 10.* Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

{{video(https://www.youtube.com/watch?v=snFp2HZbApc)}} 

{{dmsf(22, Файл презентации)}}/ {{dmsf(23, Статья про ZDOCK)}} /  [[Shad/Task12| Практическое занятие №10]]

h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу.

Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все. 

h2. Рекомендованная литература

* Bourne, P.E., and Gu, J. (2009) Structural Bioinformatics (2nd edition), John Wiley & Sons, New York, ISBN 978-0-470-18105-8

* Bourne, P.E., and Weissig, H. (2003) Structural Bioinformatics, Wiley ISBN 0-471-20199-5

* Leach, Andrew (2001) Molecular Modelling: Principles and Applications (2nd edition), Prentice Hall, ISBN 978-0-582-38210-7