Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Задания

h2. День 1

* Лекция о структурной биоинформатике

* Знакомство

* Формулы химических веществ, IUPAC, SMILES

h2. День 2

* Выберите несколько лекарств из "Перечня":http://government.ru/media/files/MzyV0Mmm2FoDAP7AWAAVLLpjoLoiShib.pdf жизненноважных препаратов и попробуйте:

* Найти их описания

* В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html cамостоятельно нарисовать их структуры по названиям и сравнить получившиеся с оригиналами

* Cкопировать структуры и сгенерировать названия и сравнить с оригиналами

* Попробуйте разные инструменты, например, 2D оптимизацию

* Попробуйте сохранить изображения ваших веществ

* Сохраните в отдельный файл сгенерированные SMILES нотации

* Для тех же соединений попробуйте построить 3D структуры в программе avogadro

* А теперь попробуйте построить структуры на основе SMILES (File -> insert -> SMILES). Что было быстрее?

* Введение в Докинг

h2. День 3

* В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html изобразите аспирин и сгенерируйте для него 2D структуру

* Сгенерируйте для него 3D структуру в Avogadro и сохраните в формате PDB

* Найдите потенциальные мишени для аспирина и внесите их в "таблицу":http://goo.gl/rRqWzf

<pre>

python /tmp/genbox.py 3jut.pdb

python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r 3jut.pdb

python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py -l aspirin.pdb

vina --config vina.cfg --receptor 3jut.pdbqt --ligand aspirin.pdbqt

pymol 3jut.pdb aspirin_out.pdbqt

</pre>

h2. День 4 

Презентация про "PyMol":http://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/218/download

Самый простой вариант:

<pre>

set opaque_background, 1

ray

save pic.png

</pre>

Примеры "графиков":https://plot.ly/python/

Программы для монтажа видео:

* "OBS":https://obsproject.com/

* "Openshot":https://obsproject.com/