« Previous - Version 5/12 (diff) - Next » - Current version
Arthur Zalevsky, 05.10.2016 21:53


Задания

День 2

  • Выберите несколько лекарств из Перечня жизненноважных препаратов и попробуйте:
  • Найти их описания
  • В редакторе cамостоятельно нарисовать их структуры по названиям и сравнить получившиеся с оригиналами
  • Cкопировать структуры и сгенерировать названия и сравнить с оригиналами
  • Попробуйте разные инструменты, например, 2D оптимизацию
  • Попробуйте сохранить изображения ваших веществ
  • Сохраните в отдельный файл сгенерированные SMILES нотации
  • Для тех же соединений попробуйте построить 3D структуры в программе avogadro
  • А теперь попробуйте построить структуры на основе SMILES (File -> insert -> SMILES). Что было быстрее?

День 3

  • В редакторе изобразите аспирин и сгенерируйте для него 2D структуру
  • Сгенерируйте для него 3D структуру в Avogadro и сохраните в формате PDB
  • Найдите потенциальные мишени для аспирина и внесите их в таблицу
python /tmp/genbox.py 3jut.pdb
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r 3jut.pdb
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py -l aspirin.pdb
vina --config vina.cfg --receptor 3jut.pdbqt --ligand aspirin.pdbqt
pymol 3jut.pdb aspirin_out.pdbqt