Задания¶

День 2¶

• Выберите несколько лекарств из Перечня жизненноважных препаратов и попробуйте:
• Найти их описания
• В редакторе cамостоятельно нарисовать их структуры по названиям и сравнить получившиеся с оригиналами
• Cкопировать структуры и сгенерировать названия и сравнить с оригиналами
• Попробуйте разные инструменты, например, 2D оптимизацию
• Попробуйте сохранить изображения ваших веществ
• Сохраните в отдельный файл сгенерированные SMILES нотации
• Для тех же соединений попробуйте построить 3D структуры в программе avogadro
• А теперь попробуйте построить структуры на основе SMILES (File -> insert -> SMILES). Что было быстрее?

День 3¶

• В редакторе изобразите аспирин и сгенерируйте для него 2D структуру
• Сгенерируйте для него 3D структуру в Avogadro и сохраните в формате PDB

python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor.py -r 3jut.pdb
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor.py -r aspirin.pdb