Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Структурная Биоинформатика (МФК)

Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail: golovin@genebee.msu.ru

h2. Вопросы к зачёту

[[Qest|Вопросы к зачёту]]

> Предварительный зачёт будет  в среду 11.12.13 в компьютерном классе (207)

> Проставление зачёта в книжки в среду 18.12.13 будет в компьютерном классе (207) 

{{toc}}

h2. Результаты работ.

h2. Программа курса «Структурная биоинформатика».

# Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB

# PyMol, инструмент визуализации структур.

# Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go)

# Предсказание и определение вторичной структуры белка.

# Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.

# Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit

# Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.

# Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP

# Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии

# Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

h2. Презентации к лекциям

*Лекция 1.*  Строение белков. Структура и организация. {{dmsf(217, Презентация)}}

*Лекция 2.* PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур. {{dmsf(218, Презентация)}}

*Лекция 3.*  Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go) {{dmsf(249, Презентация)}}

*Лекция 4.* Предсказание вторичной структуры белка.{{dmsf(13, Презентация)}}

*Лекция 5.* Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. {{dmsf(14, Презентация)}}

*Лекция 6.* Молекулярная динамика. Моделирование самосборки белка.{{dmsf(18, Презентация)}}

*Лекция 7.* Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. {{dmsf(16, Презентация)}}

*Лекция 8.* Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP.{{dmsf(17, Презентация)}}

*Лекция 9.* Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.{{dmsf(19, Презентация)}}

*Лекция 10.* Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.{{dmsf(22, Презентация)}} / {{dmsf(23, Статья про ZDOCK)}}

h2. Домашние задания

* [[Shad/Task1| Занятие 1]]   

* [[Shad/Task2| Занятие 2]] 

** [[Shad/Task2QA | Ответы на вопросы ]]

* [[Chem/Task3| Занятие 3]]

* [[Shad/Task3| Занятие 4]]

* [[Shad/Task4| Занятие 5]]

* [[Shad/Task6| Занятие 6]]

* [[Shad/Task7| Занятие 7]] 

* [[Shad/Task8| Занятие 8]] 

* [[Shad/Task9| Занятие 9]] 

* [[Shad/Task12| Занятие 10]]

h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу.

Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все. 

h2. Рекомендованная литература