Redmine

11.10.2021

21:40 Киназы антибиотикорезистентности Exploration #406: Отбор систем-кандидатов (предреакционное состояние)

*Основные технические моменты последних действий достаточно хорошо расписаны в сообщении выше*.
Моя рабочая директ... July Belyaeva

21:17 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Взяла новое поле и пофиксила глутамин 38 (pdbfixer'ом), команда:
_gmx pdb2gmx -ff amber19sb -f 3ezn.pdb -o 3ezn_proc... Anastasia Rachkova

19:43 A17 Project #410 (Closed): Улучшение А17

Закрываем проект, о чем подробно пишем в отчете. Причина: для дизайна, вдохновленного киназой/фосфатазой нужна особая... Alexander Zlobin

18:05 Плазмин Project #455: Гидролиз-активация плазмина

*Задание на неделю 11-18*
1.1. Посчитать в 3 повторностях динамики плазмина: Nneu-AspH и Nchg-Asp. CHARMM36m ибо в а... Alexander Zlobin

17:28 Плазмин Project #455 (In Progress): Гидролиз-активация плазмина

Часть отчетной кампании по Сириусу
Хотим пронаблюдать весь процесс между разрезанием активирующей петли и перестро... Alexander Zlobin

10.10.2021

23:05 Плазмин Production #448: Стартовые системы

/home/domain/egor22366/plasmin/plasmin_sk/plasmin_sk_2/npt.gro
/home/domain/egor22366/plasmin/plasmin_sk/plasmin_sk_... Egor Ilin

07.10.2021

15:09 Фосфоглицерат мутаза Production #450 (In Progress): Стартовые системы

Такс
Во-первых, поле 03 очень древнее - на это намекает цифра 03, то бишь 2003 год. Что брать - ff19sb. Как это де... Alexander Zlobin

04:03 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

За основу фермента взяла белок из 3EZN буркходелии, очистила его от воды и гликолей.
Хотела бахнуть pdb2gmx (поле am... Anastasia Rachkova

03:03 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Сделаны параметры для субстратов - обоих стереоизомеров. Далее нужно
1) сделать системы комплексов
2) сделать мини... Anastasia Rachkova

05.10.2021

13:37 Плазмин Production #448: Стартовые системы

Рекомендации по запуску
Запускать на xwing или gpu
Если на gpu, смотреть через nvidia-smi, какая gpu сейчас свобо... Alexander Zlobin

03.10.2021

01:32 Плазмин Production #448: Стартовые системы

/home/domain/egor22366/plasmin/plasmin_sk/plasmin_sk_2/pls_sk_out.gro
Путь к комплексу плазминоген и стрептокиназы. ... Egor Ilin

01.10.2021

13:13 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Решено пока оставить Bespoke-fit в покое и сделать все с помощью GAFF. Anastasia Rachkova

30.09.2021

18:09 Плазмин Production #448: Стартовые системы

Прикрепляю архив и опись некоторых статей в списке. Последняя из описанных рассматривает 1BML, смотрели на поведение ... Egor Ilin

27.09.2021

10:05 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы

Сравнить по литературным данным тулы для генерации параметров для малых молекул и выбрать тот, что больше подходит. Anastasia Rachkova

21.09.2021

01:09 Фосфоглицерат мутаза Study #435: Подготовка к работе

Есть совсем древненькая статья (Meyerhof, O., and Kiessling, W., Biochem. Z., 276, 239; 280,99 (1935)), утв... Anastasia Rachkova

00:57 Фосфоглицерат мутаза Study #435: Подготовка к работе

Чудо случилось! В одной прекрасной статье, описывающей механизм реакции на 1981 год ( Structure and activity of phosp... Anastasia Rachkova

20.09.2021

18:55 Плазмин Production #448: Стартовые системы

По поводу ионов - ну, конечно depends. Если мы подозреваем, что конформация белка может меняться от ионной силы раств... Alexander Zlobin

11:14 Плазмин Production #448: Стартовые системы

Делаю плазминоген. Нашел структуры 4duu, разрешение паршивое, но что есть. Там есть вопрос про остатки в области 255/... Egor Ilin

18.09.2021

14:15 Плазмин Production #448: Стартовые системы

/home/domain/egor22366/plasmin/plasmin_solv_ions готовый файл плазмина. Во время добавления ионов я взял параметр neu... Egor Ilin