Фосфоглицерат мутаза

Сделала картинку для человека и для Burkholderia pseudomallei (для нее попозже исправлю ситуацию с тем, что я удалила остовы белков, а не скрыла).

Собрала подборку статей (разных лет, с 1980-ых до 2010-ых), из того, что пока нашла - молекулярное моделирование проводилось для С конца, который участвует в каталитической активности.

Сейчас буду проходить туториалы.
#Еще ссылки на статьи, чтобы не потерялись.
https://www.researchgate.net/publication/317826750_Structures_of_PGAM5_Provide_Insight_into_Active_Site_Plasticity_and_Multimeric_Assembly
https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/JB.188.10.3589-3599.2006

"Structure and mechanism of action of a novel phosphoglycerate mutase from Bacillus stearothermophilus" - про iPGM, у нее другой механизм действия, но на всякий случай.
"Conformation and dynamics of the C-terminal region in human phosphoglycerate mutase 1" - С-концевой участок подвижный и, меняя свою вторичную структуру, может стимулировать переход между открытым и закрытым состояниями. В частности, остатки R116 и R117 тоже подвижны и участвуют в связывании 2,3-PG и 3-PG.

Про фосфорилирование 26 Тирозина:
"Molecular dynamics simulation reveals how phosphorylation of tyrosine 26 of phosphoglycerate mutase 1 upregulates glycolysis and promotes tumor growth"(2017) - фосфорилирование Y26 стабилизирует PGM по сравнению с wt при связывании с 2,3-PG, особенно в остатках лейцина 18 (L18), глутаминовой кислоты 102 (E102), аланина 105 (A105), и аспарагиновой кислоты (D148). При связывании фосфорилированная PGAM образует больше (33 против 18 у wt) водородных связей с 2,3-PG, в частности образуется связь между 2,3-PG и серином 23 (S23), которая отсутствует у wt. Также новые водородные связи образуют лизин 100 (K100) и аспарагин 17 (N17), формируется и новая альфа-спираль, образованная остатками от аспарагина 99 до глицина 108. Фосфорилирование также способствует переносу фосфата на 3-PG в первой половине реакции и удалению фосфата с 2,3-PG на 2-PG во второй половине реакции.
"Tyr26 phosphorylation of PGAM1 provides a metabolic advantage to tumours by stabilizing the active conformation"(2012) - фосфорилированный тирозин 26 позволяет отрицательно заряженной глутаминовой кислоте E19 выйти из активного сайта и "уступить место" фосфору H11.
"Purification and identification of monoubiquitin-phosphoglycerate mutase B complex from human colorectal cancer tissues"(2001)-PGM_B моноубиквитинилируется в клетках рака, но непонятно, как это меняет ее функции.
Про димеры и немножко С-конец:
"Crystal structure of human B-type phosphoglycerate mutase bound with citrate"(2005) - хлорид в низких концентрациях в составе димера увеличивает каталитическую активность, а в высоких - наоборот. Фосфорилирование dPGM-B по Ser23 и Ser118 ингибирует реакцию. У dPGM-M есть две специфических мутации - Glu89Ala и Arg90Trp, так как Arg90 связывается с фосфатом субстрата, его мутация может влиять на активность.

Освоила статьи про моделирование и первый туториал громакса.

Пройти второй туториал и поискать статьи про стереоизомеры в активном центре фермента

"The Design and Synthesis of N-Xanthone Benzenesulfonamides as Novel Phosphoglycerate Mutase 1 (PGAM1) Inhibitors"(2018) - ура, самая свежая из всех найденных статья! - интересна тем, куда встраиваются немногие найденные ингибирующие вещества. В гидрофобный карман с остатками P123, F22, L95 и W115 встраивается бифенильная группа, карбонильная группа взаимодействует с E89, сульфамидная - с R166, а нитрогруппа кольца А - с S23 (через образование водородных связей). Опять этот серин 23, например, его фосфорилирование тоже ингибирует реакцию.
Regulation of Glycolytic Enzyme Phosphoglycerate Mutase-1 by Sirt1 Protein-mediated Deacetylation (2011)- Sirt-1 зависимое деацетилирование по лизину снижает скорость реакции PGAM. Деацетилирование Lys-251, Lys-253 и Lys-254, расположенных на С-конце (опять он), вызывает снижение эффективности работы фермента. Предполагается, что С-конец может защищать фосфогистидин от гидролиза.
А со статьями позже 2018 года все еще беда. Как и со стереоизомерами.
Второй туториал GROMAX прошла.

Только начнешь жаловаться, что все уже прочитал, так сразу что-нибудь находится еще. Но все равно не то.
"Cofactor-Independent Phosphoglycerate Mutase from Nematodes Has Limited Druggability, as Revealed by Two High-Throughput Screens" (2014) - про кофактор-независимую iPGM паразитических нематод.
"Molecular modeling, dynamics, and an insight into the structural inhibition of cofactor independent phosphoglycerate mutase isoform 1 from Wuchereria bancrofti using cheminformatics and mutational studies" (2012) - тоже ищут ингибиторы iPGM нематод.
Не в тему, но даже 2021 статья попалась!
"The novel PII-interactor PirC identifies phosphoglycerate mutase as key control point of carbon storage metabolism in cyanobacteria" (2021) - про белок-ингибитор, но тоже iPGM.

В этом таске все же стоит попытаться найти хоть что-то про стереоселективность. Это могут быть очень древние статьи, мокрые, не важно.

Чудо случилось! В одной прекрасной статье, описывающей механизм реакции на 1981 год ( Structure and activity of phosphoglycerate mutase, https://www.jstor.org/stable/pdf/2395663.pdf?refreqid=excelsior%3A7dc0766cdba3f60172b8c07f4f45b85c), было наконец найдено мною сочетание слов "фосфоглицерат мутаза" и "изомер".
Итак:
"Specificity of Phosphoglyceric Acid Mutase" (1959) - L-2-PG тоже может принимать фосфат, но значительно медленнее, чем природный D-изомер. Мерили концентрацию и скорости, т.е. чисто мокрая работа.
К сожалению, пока это все.