Activity

From 03.09.2021 to 02.10.2021

13:13 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Решено пока оставить Bespoke-fit в покое и сделать все с помощью GAFF. Anastasia Rachkova

18:09 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Прикрепляю архив и опись некоторых статей в списке. Последняя из описанных рассматривает 1BML, смотрели на поведение ... Egor Ilin

10:05 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Сравнить по литературным данным тулы для генерации параметров для малых молекул и выбрать тот, что больше подходит. Anastasia Rachkova

01:09 Фосфоглицерат мутаза Study #435: Подготовка к работе: Есть совсем древненькая статья (Meyerhof, O., and Kiessling, W., Biochem. Z., 276, 239; 280,99 (1935)), утв... Anastasia Rachkova
00:57 Фосфоглицерат мутаза Study #435: Подготовка к работе: Чудо случилось! В одной прекрасной статье, описывающей механизм реакции на 1981 год ( Structure and activity of phosp... Anastasia Rachkova

18:55 Плазмин Production #448: Стартовые системы: По поводу ионов - ну, конечно depends. Если мы подозреваем, что конформация белка может меняться от ионной силы раств... Alexander Zlobin
11:14 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Делаю плазминоген. Нашел структуры 4duu, разрешение паршивое, но что есть. Там есть вопрос про остатки в области 255/... Egor Ilin

14:15 Плазмин Production #448: Стартовые системы: /home/domain/egor22366/plasmin/plasmin_solv_ions готовый файл плазмина. Во время добавления ионов я взял параметр neu... Egor Ilin

09:56 Фосфоглицерат мутаза Production #450 (In Progress): Стартовые системы: Подготовить стартовую систему комплекса PGM c двумя вариантами субстратов. Под стартовой системой подразумевается зал... Alexander Zlobin
09:47 Фосфоглицерат мутаза Study #435: Подготовка к работе: В этом таске все же стоит попытаться найти хоть что-то про стереоселективность. Это могут быть очень древние статьи, ... Alexander Zlobin

01:36 Фосфоглицерат мутаза Study #435: Подготовка к работе: Только начнешь жаловаться, что все уже прочитал, так сразу что-нибудь находится еще. Но все равно не то.
_"Cofactor-... Anastasia Rachkova
00:43 Фосфоглицерат мутаза Study #435: Подготовка к работе: _"The Design and Synthesis of N-Xanthone Benzenesulfonamides as Novel Phosphoglycerate Mutase 1 (PGAM1) Inhibitors"(2... Anastasia Rachkova
15:27 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Результаты альфафолда. Забавно, что он фолдит стрептокиназу прямо как в кристалле, при том, что плазмин отсутствует. ... Alexander Zlobin

17:58 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Сделал стартовую систему. Лежит в папке home/domain/egor22366/plasmin/1_model_solv_ions.gro. В качетве mdp файла взял... Egor Ilin

19:19 Фосфоглицерат мутаза Study #435: Подготовка к работе: Пройти второй туториал и поискать статьи про стереоизомеры в активном центре фермента Anastasia Rachkova
19:17 Фосфоглицерат мутаза Study #435: Подготовка к работе: Освоила статьи про моделирование и первый туториал громакса. Anastasia Rachkova

19:02 Фосфоглицерат мутаза Study #435: Подготовка к работе: Про фосфорилирование 26 Тирозина:
_"Molecular dynamics simulation reveals how phosphorylation of tyrosine 26 of phos... Anastasia Rachkova

11:05 Плазмин Study #447: Подготовка к работе: https://go.drugbank.com/drugs/DB00086
"Streptokinase creates an active complex which promotes the cleavage of the ... Alexander Zlobin
10:57 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Комплекс плазмина со стрептокиназой: 1BML (NB: Это неактивный искусственный мутант по кат. серину, S>A, надо вернуть ... Alexander Zlobin

Also available in: Atom