Сириус - фибринолиз » Плазмин

До 15 сентября
1) Собрать подборку статей о структуре и функциях плазмина и том, что известно о его активации. Особое внимание обратить на то, было ли проведено когда-либо МД

• де-факто привести в порядок этот набор слов: https://docs.google.com/document/d/1gvLNjjTxObEgTHGwiGfsFFq418UBWSJzjmsBdd4dShI/edit?usp=sharing
  2) Прочитать и осознать
• https://www.livecomsjournal.org/article/5957-best-practices-for-foundations-in-molecular-simulations-article-v1-0
• https://www.livecomsjournal.org/article/5067-best-practices-for-quantification-of-uncertainty-and-sampling-quality-in-molecular-simulations-article-v1-0
• 10.1038/s42254-020-0153-0
• 10.1038/s41592-019-0506-8
• https://docs.google.com/document/d/1gvLNjjTxObEgTHGwiGfsFFq418UBWSJzjmsBdd4dShI/edit?usp=sharing

Пройти туториалы:

• https://www.livecomsjournal.org/article/5068-from-proteins-to-perturbed-hamiltonians-a-suite-of-tutorials-for-the-gromacs-2018-molecular-simulation-package-article-v1-0

альтернативная ссылка http://www.mdtutorials.com/gmx/index.html. Для старта стоит пройти первые 2 туториала, остальные - когда будет время

• https://www.plumed.org/doc-v2.7/user-doc/html/tutorials.html - просмотреть серию туторов 21 года (названия 21.Х). Делать самому не обязательно

Где делать туторы по громаксу:

• Логиниться на srv
• С него логиниться на xwing
• Вбить команду module load gmx/2020.3-threadedmpi-single-cuda10.2-pm2.6.1-gpu . Теперь для вызова громакс достаточно просто вбить gmx.
• Все вопросы писать сюда (update - записать текст в нижнем поле)

Перед началом любого счета убедиться, что ресурсы не используются!
(htop - контроль за CPU, RAM
nvidia-smi - контроль за GPU)