Study #447

Avatar?id=882&size=50

Project #446: Байндинг-активация плазмина

Подготовка к работе

Added by Alexander Zlobin almost 3 years ago. Updated over 2 years ago.

Status:NewStart date:26.08.2021
Priority:NormalDue date:15.09.2021
Assignee:Egor Ilin% Done:

0%

Category:-
Target version:-

Description

До 15 сентября
1) Собрать подборку статей о структуре и функциях плазмина и том, что известно о его активации. Особое внимание обратить на то, было ли проведено когда-либо МД Пройти туториалы:

альтернативная ссылка http://www.mdtutorials.com/gmx/index.html. Для старта стоит пройти первые 2 туториала, остальные - когда будет время

Где делать туторы по громаксу:
  • Логиниться на srv
  • С него логиниться на xwing
  • Вбить команду module load gmx/2020.3-threadedmpi-single-cuda10.2-pm2.6.1-gpu . Теперь для вызова громакс достаточно просто вбить gmx.
  • Все вопросы писать сюда (update - записать текст в нижнем поле)

Перед началом любого счета убедиться, что ресурсы не используются!
(htop - контроль за CPU, RAM
nvidia-smi - контроль за GPU)

History

#1 Avatar?id=882&size=24 Updated by Alexander Zlobin over 2 years ago

https://go.drugbank.com/drugs/DB00086

"Streptokinase creates an active complex which promotes the cleavage of the Arg/Val bond in plasminogen to form the proteolytic enzyme plasmin." - Надо понять, откуда они это взяли. Найти конкретные работы, понять, существует ли этот факт на уровне гипотезы или чем-то подтверждается. Свести воедино, чем.

Также надо раскопать постатейно то, что описано тут в Mechanism of action. https://en.wikipedia.org/wiki/Streptokinase
Дескать, стрептокиназа может негидролизованный плазмин переводить к нужной конформации активного центра. Чем доказывалось/показывалось? Как видишь, эта идея не соответствует той, что описана выше на драгбанке. Поэтому надо внимательно изучить доказательную базу для каждой гипотезы.

Also available in: Atom PDF