Redmine

06.07.2021

09:41 A17 Project #410: Улучшение А17

Нужно поставить на холд и попробовать посчитать реакции в киназе и фосфатазе. Это заявка на отдельный проект, вероятн... Alexander Zlobin

09:40 A17 Soft #425 (Resolved): Собрать старый интерфейс на риппере

Все работает, использую, спасибо! Alexander Zlobin

09:39 A17 Exploration #390 (Closed): Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Главная гипотеза на данный момент - такая реакция вовсе не может идти, потому и идет взрыв. Вероятно, тирозин депрото... Alexander Zlobin

25.06.2021

13:29 Киназы антибиотикорезистентности Production #397: Подготовка систем

Для систем подготовлены sys.ndx и posre.itp July Belyaeva

24.06.2021

23:10 Киназы антибиотикорезистентности Production #397: Подготовка систем

*Пересобранные системы лежат по следующему пути*:
/home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/systems/
.gro каждо... July Belyaeva

15:07 Киназы антибиотикорезистентности Production #397: Подготовка систем

Есть системы, где неверное число атомов в GRO, также есть системы с неверно расположенным АТФ. Насколько это одни и т... Alexander Zlobin

18.06.2021

11:47 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Расчеты для ASP/GLU теозима почти завершены, ориентировочно еще 2 дня. К понедельнику - финализировать набор теозимов... Alexander Zlobin

15.06.2021

13:32 Киназы антибиотикорезистентности Production #397: Подготовка систем

*Системы (белок+амикумацин+amp-pnp+ионы) лежат по следующему пути*:
/home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/syst... July Belyaeva

09:38 Киназы антибиотикорезистентности Production #397: Подготовка систем

Обновлю порядок атомов в itp для амикумация и amp-pnp July Belyaeva

14.06.2021

23:14 Киназы антибиотикорезистентности Production #397: Подготовка систем

*.gro всех систем*:
/home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/systems-gro/
*Системы*:
/home/domain/data/julyb... July Belyaeva