Redmine

15.06.2021

13:32 Киназы антибиотикорезистентности Production #397: Подготовка систем

*Системы (белок+амикумацин+amp-pnp+ионы) лежат по следующему пути*:
/home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/syst... July Belyaeva

09:38 Киназы антибиотикорезистентности Production #397: Подготовка систем

Обновлю порядок атомов в itp для амикумация и amp-pnp July Belyaeva

14.06.2021

23:14 Киназы антибиотикорезистентности Production #397: Подготовка систем

*.gro всех систем*:
/home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/systems-gro/
*Системы*:
/home/domain/data/julyb... July Belyaeva

07.06.2021

12:46 A17 Soft #425: Собрать старый интерфейс на риппере

можно путь для сборки tpr?
отбой, не надо. Выпадает явно раньше
Andrey Golovin

06.06.2021

18:01 A17 Soft #425 (Feedback): Собрать старый интерфейс на риппере

Illegal instruction (core dumped)
Не работает, как с плюмедом так и без
Папка
/home/domain/data/zlobin/2021/m... Alexander Zlobin

03.06.2021

10:54 A17 Soft #425 (Resolved): Собрать старый интерфейс на риппере

Andrey Golovin

10:54 A17 Soft #425: Собрать старый интерфейс на риппере

Done:
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/home/domain/data/prog-ripper/plumed-262-libtorch/lib/:/home/domai... Andrey Golovin

31.05.2021

17:09 Киназы антибиотикорезистентности Production #395: Параметризация AMP-PNP

*Пути до файлов с топологией*:
1) /home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/amp-pnp/parameterize/parameters/GAFF2/... July Belyaeva

16:56 Киназы антибиотикорезистентности Production #395: Параметризация AMP-PNP

*Слияние топологий*:
- в файле /home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/*amp-pnp*/parameterize/parameters/GAFF2/m... July Belyaeva

12:11 Киназы антибиотикорезистентности Production #395: Параметризация AMP-PNP

*Запуск parameterize для amp-pnp и amp-pnph производится со следующими параметрами*:
> parameterize Mol_m1-o1.mol2 -... July Belyaeva

13:40 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Пока реально тупик. Перемещаю фокус внимания на следующие действия:
1) Детально изучить оптимальный теозим, а не умо... Alexander Zlobin

29.05.2021

11:18 dNTPases Project #429 (New): Исследование возможных механизмов гидролиза ГТФазы MnmE

Есть 2 варианта как может протекать механизм гидролиза в mnme.
1) заключается в том, что в результате цепочки пер... Evgenia Elizarova

25.05.2021

13:33 A17 Soft #425 (Resolved): Собрать старый интерфейс на риппере

Нужен старый интерфейс GMX-DFTB3, который можно запускать на риппере.
- mpi
- plumed
Как вариант можете ределеги... Alexander Zlobin

23.05.2021

23:39 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

1. Ничего странного не наблюдается, миграции заряда к началу ароматической группы нет
2. Пока не сделал
3. 0 и eqmm... Alexander Zlobin

21.05.2021

14:44 dNTPases Exploration #421: Проработка сетапа для получения барьера

Цель - получить сетап, который позволяет оптимально производить расчет барьера реакции
В качестве метрики, оптимал... Evgenia Elizarova

20.05.2021

19:31 dNTPases Exploration #421 (New): Проработка сетапа для получения барьера

Evgenia Elizarova

19:07 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

1. Посмотреть эволюцию зарядов
2. Посчитать с квантовой водой
3. Протестировать GMX_QMMM_VARIANT (1, 0, eqmmmVACUO)... Alexander Zlobin

11:38 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

GMX-DFTB+ на системе без ММ части (параоксон в кубике). RMSD по всем атомам отлично считается.
GMX-DFTB3 на систем... Alexander Zlobin

16:14 Киназы антибиотикорезистентности Production #420 (New): Динамики с ATP

Нужно подготовить системы и прогнать динамики с ATP и его протонированными вариантами. Alexander Zlobin

16:12 Киназы антибиотикорезистентности Project #419 (New): Второй металл и протоны в AmiN

По механизму работы AmiN киназы остались вопросы. Так, не понятно, почему не связывается второй металл (или связывает... Alexander Zlobin

12:22 Киназы антибиотикорезистентности Production #395 (In Progress): Параметризация AMP-PNP

July Belyaeva

19.05.2021

15:08 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Alexander Zlobin wrote:
> Если считать RMSD по всем атомам POX, то Segmentation fault на первом же шаге.
> Если убр... Alexander Zlobin

18.05.2021

00:03 dNTPases Discussion #408: Обсудить прошедшую защиту и дальнейшие планы

Полагаю целесообразны следующие шаги:
1) Ознакомится Андрею Викторовичу с написанным в данном проекте в обоих issu... Evgenia Elizarova

21:42 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Следующий шаг в сборе информации для идей: мини-системы со старым интерфейсом Alexander Zlobin

12:31 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Если считать RMSD по всем атомам POX, то Segmentation fault на первом же шаге.
Если убрать расчет RMSD с атомов аром... Alexander Zlobin