Redmine

18.05.2021

21:42 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Следующий шаг в сборе информации для идей: мини-системы со старым интерфейсом Alexander Zlobin

12:31 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Если считать RMSD по всем атомам POX, то Segmentation fault на первом же шаге.
Если убрать расчет RMSD с атомов аром... Alexander Zlobin

17.05.2021

16:41 dNTPases Project #415 (In Progress): Заряд vs координация в MnmE

h1. Обзор
Калий нужен для работы MnmE. Почему? Что он делает? Кто еще может это делать, а кто не может (остаток, м... Alexander Zlobin

16:25 dNTPases Discussion #408: Обсудить прошедшую защиту и дальнейшие планы

Результаты созвона:
1. Следующий месяц воздержание от расчетов и собирание логики исследование в единый цельный пр... Alexander Zlobin

14:20 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Пока мы в тупике.
Из вариантов рассматриваю возможность набрать системной информации о падениях, сделав метадинами... Alexander Zlobin

16.05.2021

22:58 A17 Project #410: Улучшение А17

На текущий момент есть 2 основные проблемы:
1) Тест-система для первой стадии не работает. Падения. См. тикет 390
2... Alexander Zlobin

22:53 A17 Project #410 (Closed): Улучшение А17

Тикет верхнего уровня для структурирования работ по А17.
Направления улучшений:
1) Улучшение 1й стадии
2) Создан... Alexander Zlobin

13:22 dNTPases Discussion #408: Обсудить прошедшую защиту и дальнейшие планы

Созвон в 15:10 Alexander Zlobin

15.05.2021

12:42 dNTPases Discussion #408: Обсудить прошедшую защиту и дальнейшие планы

Женя, во сколько в понедельник созваниваемся? Alexander Zlobin

12:42 dNTPases Discussion #408 (Closed): Обсудить прошедшую защиту и дальнейшие планы

Договорились с Женей в понедельник обсудить ее прошедшую защиту. Так как велась запись, крайне рекомендую Андрею Викт... Alexander Zlobin

12:16 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Дублирование связей и углов не помогло в реальной системе Alexander Zlobin

12.05.2021

16:50 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

D-орбиталь азота ничего не изменила, быстрое падение. Alexander Zlobin

15:17 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

BREAKING NEWS
Дублирование связей и углов из механики для части квантовой системы (от мостикового кислорода до нитро... Alexander Zlobin

14:53 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

1) Принял в работу
2) Нет, падение не сопровождается отслеживаемыми глазом геометрическими событиями
Допишу также... Alexander Zlobin

11.05.2021

12:43 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

1) Есть смысл проверить MaxAngularMomentum = d для азота?
2) Падение происходит при образовании PNP иона? Andrey Golovin

05.05.2021

17:41 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Итак, что-то явно происходит особенное с параоксоном - ДФП работает отлично, реакция проходит шикарно.
Параллельн... Alexander Zlobin

04.05.2021

20:21 Киназы антибиотикорезистентности Production #395: Параметризация AMP-PNP

h3. Шаги работы для получения зарядов
1. Структуры AMP-PNP, AMP-PNP-h, и двух хвостов нарисовать в авогадро. Присв... Alexander Zlobin

14:28 Киназы антибиотикорезистентности Production #395: Параметризация AMP-PNP

Нужно дополнительное напоминание о процедуре запуска *RESP* (ранее этого не делала) на одном примере.
Также нужны... July Belyaeva

14:56 Киназы антибиотикорезистентности Exploration #406 (In Progress): Отбор систем-кандидатов (предреакционное состояние)

Была написана функция, которая обрабатывает pdb-файлы посчитанных 60 систем и считает для них ряд геометрических пара... July Belyaeva

03.05.2021

14:12 Киназы антибиотикорезистентности Production #397 (Resolved): Подготовка систем

Аккуратно и, по возможности, автоматизированно собрать системы.
Металлы:
* Mg
* MgLi
* MgMg
Фосфат:
* AMP... Alexander Zlobin

14:09 Киназы антибиотикорезистентности Production #396 (New): Динамики с ANP-PNP

Нужно подготовить системы и прогнать динамики с ANP-PNP и его протонированными вариантами. Alexander Zlobin

14:06 Киназы антибиотикорезистентности Production #395 (Resolved): Параметризация AMP-PNP

Есть основания полагать, что никакой из 60 паттернов протонирования/металлирования активного центра не может быть пох... Alexander Zlobin

02.05.2021

11:33 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Саша, на всякий случай укажите директорию где вы это делаете. Для горизонтальной передачи знаний. Andrey Golovin

01.05.2021

18:52 A17 Exploration #390 (In Progress): Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Alexander Zlobin

30.04.2021

17:10 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Note: формально это не часть проекта РНФ-абзим, это часть РФФИ-Сириус. Однако статейно конечно в любом случае подходи... Alexander Zlobin

17:04 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

Лог от 30.04.2021. АЗло
Какие варианты были проработаны:
1. Отличие GMX-DFTB от GMX-DFTB+
1 ходок в GMX-DFTB п... Alexander Zlobin

16:33 A17 Exploration #390 (Closed): Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном

GMX-DFTB+ не может стабильно считать реакцию с параоксоном в системе тирозин-глутамат. Задача этого проекта - максима... Andrey Golovin