Анализ результатов моделирование самосборки липидного бислоя.¶
Начните просмотр результатов с изучения файла error.log , точки замените на номер задачи.
- Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DPPC.
%%bash
/home/golovin/progs/gmx/bin/gmx trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20
Откройте ваш b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:
%%bash
/home/golovin/progs/gmx/bin/gmx trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol
Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходит образование бислоя. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.
- Определите площадь занимаемую одним липидом. Для этого вам придется получить размеры ячейки из траектории.
%%bash
/home/golovin/progs/gmx/bin/gmx traj -f b_md.xtc -s b_md.tpr -ob box_1.xvg
- В файле box_1.xvg содержаться размеры ячейки. В первой колонке время в следющих трёх то, что вам надо. Определите какая ось является нормалью к поверхности бислоя. Постройте зависимость площади по соотвествующим осям ( не нормали к поверхности бислоя) от времени. Норимруйте это значание на один липид в слое.
- Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе самосборки.
%%bash /home/golovin/progs/gmx/bin/gmx sasa -s b_md -f b_md.xtc -surface 'group "DPPC"' -output '"Hydrophobic" group "DPPC" and charge {-0.2 to 0.2}; "Hydrophilic" group "DPPC" and not charge {-0.2 to 0.2}; "Total" group "DPPC"'
- Постройте в зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о причинах самосборки фософлипидного бислоя.
- Традиционной мерой оценки фазового состояния бифильных молекул является мера порядка. Для анализа нам понадобится специальный индекс файл. Его сделать не сложно, но долго. Поэтому скачайте ndx файл его и положите в директроию с файлами динамики. Теперь запустите сам анализ, где "P" это ось, которя является нормалью к поверхности бислоя (см. выше): Для конца траектории:
%%bash /home/golovin/progs/gmx/bin/gmx order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_end.xvg -n sn1.ndx -b 45000 -d P
И для начала траектории%%bash /home/golovin/progs/bin/gmx order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_start.xvg -n sn1.ndx -e 5000 -d P
Постройте зависимости и добавтье к отчёту. Сделайте вывод об изменении параметра порядка при образовании бислоя.