Анализ результатов моделирование перехода А-формы ДНК в В-форму в воде.¶
Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out..., точки замените на номер задачи.
Исправим влияние pdc на двух цепочечную молекулу:
mv dna_md.xtc dna_md_or.xtc gmx trjconv -f dna_md_or.xtc -s dna_md -o dna_md.xtc -pbc whole
- Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DNA.
gmx trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol
Откройте ваш b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:
gmx trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans
- Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходит образование B-формы. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.
- Определите средне-квадратичное отколнение в ходе моделирования. Так как у нас происходит конформационный переход сначала расчитаем отклонение в ходе все симуляции относительно стартовой структуры.
gmx rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_1
И относительно каждой предидущей структуры на растоянии 400 кадров. Если ближе к концу закончился конформационный переход, то отколнение должно уменьшаться.gmx rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_2 -prev 400 - Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе конформационного перехода.
gmx sas -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o sas_dna.xvg
Постройте зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода из В в А. - Традиционным анализом для ДНК является расчёт колчества образуемых водородных связей. Если мы будем исследовать связи между ДНК и ДНК, то это будут водородные связи между цепями ДНК. Для конца траектории:
gmx hbond -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna - Не менее интересно будет изучить количество вдородных связей ДНК-Вода
gmx hbond -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna_sol
Постройте зависимости и добавтье к отчёту. Сделайте вывод об количестве водородных связей в этом дуплексе, соотвествует ли это каноническим представлениям? Как влияет конформационный переход на количество водородных связей с водой?. Cделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода из В в А.