Overview
Молекулярное моделирование НТУ Сириус¶
Андрей Головин, д.х.н., профессор
E-mail: golovin@fbb.msu.ru
Форма для сдачи самостоятельных работ.¶
https://forms.gle/5vZ7v2t9NSFBx5mn9
Результаты работ.¶
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1HmUExwwyBEwU6sMdeq9DZSKJDODxnJMrJ3c1uyPN4r4/edit?usp=sharing
Программа курса «Структурная биоинформатика».¶
- Квантовая химия.
- Молекулярная механика. Силовые поля.
- Молекулярная динамика.
- Модификации молекулярной динамики
- Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
Презентации к лекциям¶
Новые варианты лекций:
https://vsb.fbb.msu.ru/share/golovin/sirius-lectures/
_______________
Лекция 2. Квантовая химия.
Лекция 3. Молекулярная механика. Силовые поля.
Лекция 4. Оптимизация геометрии. Молекулярная динамика.
Лекция 5. Модификации молекулярной динамики.
Лекция 6. Предсказание структуры белка
h2. Задания
- Занятие 1 https://colab.research.google.com/drive/1I2kgyvRt7-Sa87FqT0988IO11wxK8W4e?usp=sharing
- Занятие 2 https://colab.research.google.com/drive/1DrHtJ7QyRBAudaL1wetX9JaFFIbzyiUL
- Занятие 3-4 https://vsb.fbb.msu.ru/projects/mm-sirius/wiki/Task8a
- Занятие 5 https://colab.research.google.com/drive/1DcW-UImNn24-fhDz1x5Zv6DZQS1y54rQ
Как выставляется итоговая оценка по курсу.¶
Для зачета достаточно сдать все практикумы на тройку. Обязательно все.
Вопросы к экзамену¶
Рекомендованная литература¶
Книги на books.google.com:
- Molecular Modelling. Priciples and Applications (Leach R. Andrew)
- Modelling Molecular Structures (Hinchlffe Alan)
- New algorithms for macromolecular simulation (B. Leimkuhler, Christophe Chipot, Ron Elber)
- Computer simulation of biomolecular systems: theoretical and experimental application ( Wilfred F. van Gunsteren, Paul K. Weiner )