Task3

Version 19 (Andrey Golovin, 27.09.2019 13:17)

1 1 Andrey Golovin
h1.  Хемоинформатика 
2 1 Andrey Golovin
3 14 Student HSE
lecture: http://kodomo.fbb.msu.ru/~golovin/l2.pdf
4 1 Andrey Golovin
5 14 Student HSE
Цель занятия — используя пакет модулей RDkit предложить аналог ибупрофена:
6 1 Andrey Golovin
* на сайте PubChem найти все радикалы c азидом для Click Chemistry и скачать их SMILES нотации
7 14 Student HSE
* Найти формулу ибупрофена и предложить способ изменения его SMILES для эмуляции реагента "Click Chemistry":https://en.wikipedia.org/wiki/Click_chemistry#Copper.28I.29-catalyzed_azide-alkyne_cycloaddition_.28CuAAC.29 (заменить изопропил на этин он же ацителен)
8 1 Andrey Golovin
* Заменить в найденых радикалах азидную группу на модифцированный ибупрофен.
9 14 Student HSE
* Превратить новые SMILES в объекты-молекулы
10 16 Student HSE
* Отобрать те молекулы, которые удовлетворяют "правилу пяти Lipinski":https://en.wikipedia.org/wiki/Lipinski%27s_rule_of_five
11 1 Andrey Golovin
12 1 Andrey Golovin
h2. Подсказки: 
13 3 Andrey Golovin
14 14 Student HSE
* shadbox — это виртуальная машина, на которой вы можете выполнять занятия. Модули из практикума также можно установить локально: см. файл conda.install
15 17 Andrey Golovin
* shadbox также известен как shadbox.vsb.fbb.msu.ru . 
16 14 Student HSE
* Всю работу выполняем в Jupiter Notebook, можно запускать как локально, так и на shadbox
17 17 Andrey Golovin
* Добавим путь к conda и активируем профиль с помощью терминала Jupyter :
18 1 Andrey Golovin
<pre><code class="bash">
19 17 Andrey Golovin
20 17 Andrey Golovin
export PATH="/home/shad/miniconda2/bin:$PATH" 
21 17 Andrey Golovin
22 1 Andrey Golovin
source activate hse
23 3 Andrey Golovin
24 19 Andrey Golovin
python -m ipykernel install --user --display-name "Python 2.7 HSE" 
25 19 Andrey Golovin
26 19 Andrey Golovin
или
27 19 Andrey Golovin
28 19 Andrey Golovin
export PATH="/home/shad/miniconda3/bin:$PATH"
29 19 Andrey Golovin
source activate py37-hse
30 19 Andrey Golovin
python -m ipykernel install --user  --display-name "Python 3.7 HSE" 
31 17 Andrey Golovin
32 4 Andrey Golovin
</code></pre>
33 1 Andrey Golovin
34 17 Andrey Golovin
35 18 Andrey Golovin
* Создадим новый notebook Python 2.7 HSE и  загрузим модули RDkit (мануал: http://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html )
36 3 Andrey Golovin
<pre><code class="python">
37 1 Andrey Golovin
from rdkit import Chem
38 1 Andrey Golovin
from rdkit.Chem import AllChem
39 1 Andrey Golovin
from rdkit import RDConfig
40 1 Andrey Golovin
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole 
41 1 Andrey Golovin
from rdkit.Chem import Draw
42 1 Andrey Golovin
import numpy as np
43 1 Andrey Golovin
from IPython.display import display,Image
44 4 Andrey Golovin
</code></pre>
45 1 Andrey Golovin
46 2 Andrey Golovin
* Нарисуем ибупрофен
47 1 Andrey Golovin
<pre><code class="python">
48 3 Andrey Golovin
ibu=Chem.MolFromSmiles('CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O')
49 1 Andrey Golovin
AllChem.Compute2DCoords(ibu)
50 1 Andrey Golovin
display(ibu)
51 1 Andrey Golovin
</code></pre>
52 1 Andrey Golovin
53 16 Student HSE
* Посчитаем параметры для правила Липински
54 1 Andrey Golovin
<pre><code class="python">
55 3 Andrey Golovin
import rdkit.Chem.Lipinski as Lipinksy
56 1 Andrey Golovin
print Lipinksy.NumHDonors(ibu)
57 1 Andrey Golovin
print Lipinksy.NumHAcceptors(ibu)
58 1 Andrey Golovin
print Lipinksy.rdMolDescriptors.CalcExactMolWt(ibu)
59 1 Andrey Golovin
print Lipinksy.rdMolDescriptors.CalcCrippenDescriptors(ibu)[0]
60 4 Andrey Golovin
</code></pre>
61 1 Andrey Golovin
62 16 Student HSE
* Загрузим скачанные данные и отфильтруем
63 1 Andrey Golovin
<pre><code class="python">
64 3 Andrey Golovin
strings=np.genfromtxt('2515324818764782706.txt',dtype=np.str)
65 1 Andrey Golovin
66 1 Andrey Golovin
for line in strings:
67 1 Andrey Golovin
    if len(line[1]) < 30 and not '.' in line[1]:
68 1 Andrey Golovin
        smiles.append(line[1])
69 1 Andrey Golovin
</code></pre>
70 1 Andrey Golovin
71 1 Andrey Golovin
72 16 Student HSE
* Построим новые молекулы и отфильтруем
73 3 Andrey Golovin
<pre><code class="python">
74 1 Andrey Golovin
for smi in smiles[:1500]:
75 1 Andrey Golovin
    
76 1 Andrey Golovin
    if азид  in smi:
77 1 Andrey Golovin
        newsmi=smi.replace('N=[N+]=[N-]',template)
78 1 Andrey Golovin
    else:
79 4 Andrey Golovin
        continue
80 1 Andrey Golovin
</code></pre>
81 14 Student HSE
   
82 1 Andrey Golovin
* Новую молекулу лучше создавать в try из-за битых smiles
83 1 Andrey Golovin
<pre><code class="python">
84 3 Andrey Golovin
    try:
85 1 Andrey Golovin
        newmol=Chem.MolFromSmiles
86 1 Andrey Golovin
87 1 Andrey Golovin
        
88 1 Andrey Golovin
        if новая молекулу удолтворяет правилу 5
89 1 Andrey Golovin
            сохраним в массив
90 1 Andrey Golovin
            и покажем
91 1 Andrey Golovin
    except:
92 1 Andrey Golovin
        pass
93 1 Andrey Golovin
</code></pre>
94 1 Andrey Golovin
95 1 Andrey Golovin
* Наводим красоту за бонусные баллы, постройте 3D структуру и покрутите её
96 1 Andrey Golovin
97 16 Student HSE
  * можно сделать большую картинку с Draw.MolsToGridImage
98 1 Andrey Golovin
99 16 Student HSE
  * как сделать конформацию лиганда:
100 3 Andrey Golovin
<pre><code class="python">
101 1 Andrey Golovin
m3d=Chem.AddHs(m2d)
102 1 Andrey Golovin
Chem.AllChem.EmbedMolecule(m3d)
103 1 Andrey Golovin
AllChem.MMFFOptimizeMolecule(m3d,maxIters=500,nonBondedThresh=200 )
104 1 Andrey Golovin
</code></pre>
105 1 Andrey Golovin
106 16 Student HSE
  * загрузим NGL viewer
107 1 Andrey Golovin
<pre><code class="python">
108 4 Andrey Golovin
import nglview as nv
109 1 Andrey Golovin
</code></pre>
110 1 Andrey Golovin
111 16 Student HSE
  * и покажем первую конформацию
112 3 Andrey Golovin
<pre><code class="python">
113 1 Andrey Golovin
nv.show_rdkit(m3d)
114 4 Andrey Golovin
</code></pre>