PepMelAnalysis
Version 1 (Andrey Golovin, 15.12.2017 16:00)
| 1 | 1 | Andrey Golovin | h1. Анализ результатов моделирования поведения пептида в формамиде. |
|---|---|---|---|
| 2 | 1 | Andrey Golovin | |
| 3 | 1 | Andrey Golovin | Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out... , точки замените на номер задачи. |
| 4 | 1 | Andrey Golovin | |
| 5 | 1 | Andrey Golovin | * Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DNA. |
| 6 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 7 | 1 | Andrey Golovin | trjconv -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o pep_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol |
| 8 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 9 | 1 | Andrey Golovin | Откройте ваш b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте: |
| 10 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 11 | 1 | Andrey Golovin | trjconv -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o pep_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans |
| 12 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 13 | 1 | Andrey Golovin | Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходят изменения. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании. |
| 14 | 1 | Andrey Golovin | * Определите средне-квадратичное отколнение в ходе моделирования. Так как у нас происходит конформационный переход сначала расчитаем отклонение в ходе все симуляции относительно стартовой структуры. |
| 15 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 16 | 1 | Andrey Golovin | g_rms -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o rms_1 |
| 17 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 18 | 1 | Andrey Golovin | |
| 19 | 1 | Andrey Golovin | И относительно каждой предидущей структуры на растоянии 400 кадров. Если ближе к концу закончился конформационный переход, то отколнение должно уменьшаться. |
| 20 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 21 | 1 | Andrey Golovin | g_rms -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o rms_2 -prev 400 |
| 22 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 23 | 1 | Andrey Golovin | |
| 24 | 1 | Andrey Golovin | * Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе конформационного перехода. |
| 25 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 26 | 1 | Andrey Golovin | g_sas -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o sas_pep.xvg |
| 27 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 28 | 1 | Andrey Golovin | Постройте зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода. |
| 29 | 1 | Andrey Golovin | |
| 30 | 1 | Andrey Golovin | * Традиционным анализом является расчёт колчества образуемых водородных связей. Если мы будем исследовать связи между пептидом и пептидом, то это будут водородные связи в пептиде. Для конца траектории: |
| 31 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 32 | 1 | Andrey Golovin | g_hbond -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -num hbond_pep |
| 33 | 1 | Andrey Golovin | где X это величина в пикосекундах для начала анализа. |
| 34 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 35 | 1 | Andrey Golovin | * Не менее интересно будет изучить количество вдородных связей пептид-формамид. |
| 36 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 37 | 1 | Andrey Golovin | g_hbond -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -num hbond_pep_sl |
| 38 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 39 | 1 | Andrey Golovin | Постройте зависимости и добавтье к отчёту. Сделайте вывод об количестве водородных связей в этом дуплексе, соотвествует ли это каноническим представлениям? Как влияет конформационный переход на количество водородных связей с водой?. Cделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода. |
| 40 | 1 | Andrey Golovin | * Если у нас происходит разрушение вторичной структуры, то надо построить зависимость вторичной структуры от времени: |
| 41 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 42 | 1 | Andrey Golovin | export DSSP=/home/chemclass/bin/dsspcmbi |
| 43 | 1 | Andrey Golovin | do_dssp -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o ss |
| 44 | 1 | Andrey Golovin | # Для просмотра переведём xpm в eps |
| 45 | 1 | Andrey Golovin | xpm2ps -f ss.xpm -o ss.eps -size 1000 -by 10 |
| 46 | 1 | Andrey Golovin | ps2pdf ss.eps ss.pdf |
| 47 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 48 | 1 | Andrey Golovin | |
| 49 | 1 | Andrey Golovin | Если вас не устроит размер картинки используйте другое значение size для xpm2ps и заново сделайте pdf |
| 50 | 1 | Andrey Golovin | |
| 51 | 1 | Andrey Golovin | Сравните Ваши визуальные наблюдения и расчёт вторичной структуры. Наблюдения внесите в отчёт. |
| 52 | 1 | Andrey Golovin | |
| 53 | 1 | Andrey Golovin | h3. Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчёте и должны сопровождаться обсуждением и выаодами |